Pflanzenkrankheiten haben beim Anbau aller Kulturpflanzen eine grosse Bedeutung und verursachen hohe Qualitäts- und Ertragsverluste. Durch Giftstoffe kann es zudem zu einer Gefährdung der Sicherheit von Nahrungs- und Futtermitteln kommen. Für die Bekämpfung von Pflanzenkrankheiten fallen jährlich weltweit Kosten und Verluste von mehreren Milliarden Euro an.
Agroscope entwickelt neue Methoden zur Diagnostik, Prognose, Überwachung und Regulierung von Schaderregern. Dabei nutzt Agroscope moderne Techniken, wie z.B. molekulare Methoden und Informatik. Der Einfluss von Anbau- und Umweltfaktoren auf Pflanzenpathogene wird untersucht, Pflanzensorten bezüglich ihrer Krankheitsanfälligkeit geprüft und neue Anbau- und Pflanzenschutzstrategien entwickelt. Ziel ist es, die Produktion von sicheren, qualitativ hochstehenden Lebens- und Futtermittelproduktion zu ermöglichen. Der Schutz der Umwelt und die Nachhaltigkeit der Produktion spielen dabei eine zentrale Rolle.