Tous les animaux présentent des activités rythmiques déterminées par un processus interne qui régule le cycle veille-sommeil. Ces activités se répétant à peu près toutes les 24 heures, elles sont appelées activités «circadiennes». Le suivi et l'étude de ces rythmes donnent une idée du bien-être des animaux. Le stress et les maladies peuvent perturber les activités rythmiques de l'animal. Plus la rythmicité est importante, plus le bien-être des animaux est élevé.
Une approche de calcul de ces rythmes est basée sur le degré de couplage fonctionnel (DFC), une quantité qui est calculée à partir de spectres de fréquence de l'activité des animaux.
A cet effet, nous avons créé DigiRhythm, une bibliothèque R qui aide les chercheuses et chercheurs à calculer la rythmicité. La bibliothèque offre entre autres de nombreux algorithmes et visualisations liés:
- au degré de couplage fonctionnel
- à la puissance harmonique
- à l’activité moyenne
- à l’indice de diurnité
- aux actogrammes
- Segmentation sémantique de multiples espèces associées
Vous pouvez télécharger la bibliothèque à partir du lien Github Link. Celle-ci sera bientôt introduite dans le CRAN repository.
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