The DigiRhythm Library

digirhythm
Actogramm zu den Messungen des Beschleunigungssensors bei einer Kuh (oben links), leistungsbezogener Kopplungsgrad und harmonische Leistung (oben rechts) sowie durchschnittliche Aktivität (unten links), berechnet und visualisiert mithilfe der Bibliothek DigiRhythm.

Alle Tiere zeigen rhythmische Aktivitäten, die durch einen internen Prozess gesteuert werden und den Tag-Nacht-Wechsel regulieren. Da sich diese Aktivitäten alle 24 Stunden wiederholen, bezeichnet man sie als zirkadianische Rhythmen. Die Überwachung und Untersuchung dieser Rhythmen geben Aufschluss über das Wohlbefinden der Tiere. Stress und Krankheiten können die rhythmischen Aktivitäten der Tiere stören. Je besser diese Rhythmik ist, desto besser ist das Wohlbefinden der Tiere.

Der Berechnungsansatz beruht auf dem leistungsbezogenen Kopplungsgrad (DFC), der anhand der Frequenzspektren der Aktivität der Tiere bestimmt wird.

Dazu haben wir DigiRhythm entwickelt, eine R-Bibliothek, die Forschende bei der Berechnung der Rhythmizität unterstützt. Die Bibliothek bietet unter anderem zahlreiche Algorithmen und Visualisierungen im Zusammenhang mit folgenden Grössen:

  • leistungsbezogener Kopplungsgrad
  • harmonische Leistung
  • durchschnittliche Aktivität
  • Index zur Rhythmizität
  • Actogramme
  • Semantische Segmentierung mehrerer Intercropped-Arten

Die Bibliothek kann über den Github Link heruntergeladen werden. Die Bibliothek wird demnächst in das CRAN-Repository aufgenommen.

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