Biodiversität spiegelt sich auf verschiedenen Ebenen wider: Sie beinhaltet die Vielfalt innerhalb der Arten (genetische Vielfalt), die Vielfalt zwischen den Arten sowie die Vielfalt der Ökosysteme. Eine hohe Biodiversität gewährleistet das ordnungsgemässe Funktionieren der Ökosysteme, einschliesslich der landwirtschaftlichen Systeme, und ist als Genpool für landwirtschaftliche Züchtungen oder Arznei-Wirkstoffe von Bedeutung. Landwirtschaftliche Tätigkeiten haben in der Schweiz einen hohen Einfluss auf die Biodiversität und können diese sowohl fördern als auch vermindern.
Im Rahmen der ZA-AUI wird ein Indikator berechnet, der die potentiellen Auswirkungen der landwirtschaftlichen Praxis auf die Artenvielfalt beschreibt. Die Methode nach Jeanneret et al. (2014) kann auf Grasland, Acker und halb-natürliche Habitate (z.B. Wildblumenstreifen, Hecken) angewandt werden. Folgende Indikator-Artengruppen werden berücksichtigt:
- Graslandflora
- Ackerbegleitflora
- Vögel
- Kleine Säugetiere
- Amphibien
- Mollusken
- Spinnen
- Laufkäfer
- Tagfalter
- Wildbienen
- Heuschrecken