Bei geregelten Nicht-Quarantäneorganismen handelt es sich um besonders gefährliche Schadorganismen, die in der Schweiz weit verbreitet sind und hauptsächlich über spezifische, zum Anpflanzen bestimmte Wirtspflanzen verbreitet werden.
Durch ihre weite Verbreitung erfüllen sie die Kriterien für einen Quarantäneorganismus nicht (mehr). Da ihr Auftreten im Pflanzgut allerdings ein hohes Schadpotenzial aufweist, werden phytosanitäre Massnahmen bezüglich der Inverkehrbringung von gesundem Vermehrungsmaterial ergriffen.
Beispielsweise das Sharka-Virus (Plum Pox Virus) oder der Erreger der Apfeltriebsucht (Candidatus Phytoplasma mali) gelten als geregelte Nicht-Quarantäneorganismen.