L’impiego agricolo delle risorse naturali e dei servizi ecosistemici si ripercuote negativamente sull’ambiente. Agroscope rileva e modella queste ripercussioni e descrive gli interventi necessari per ridurle. A questo scopo sviluppa indicatori agroambientali, inventari e attività di monitoraggio e analizza sostanze nutritive e nocive, gas serra, biodiversità e deterioramento dei suoli. A partire dai dati così acquisiti vengono elaborate misure di protezione delle acque, per la chiusura dei cicli dei materiali, per la protezione della varietà delle specie e degli habitat così come delle funzioni del suolo e per un impiego delle risorse adeguato alle condizioni locali. Lo studio delle interazioni tra la biodiversità del suolo e le piante utili renderà possibili sistemi di coltura più efficienti sotto il profilo delle risorse.
Il settore «Agroecologia e ambiente» contribuisce alla Strategia sul clima della Confederazione con i rapporti sul clima e sviluppando misure con cui l’agricoltura può adattarsi al cambiamento climatico e incidere meno profondamente sul clima.
Per proteggere i servizi ecosistemici si valutano i rischi di nuove tecnologie agricole; gli ecobilanci e la valutazione della sostenibilità consentono di esaminare opzioni per il futuro orientamento dell'agricoltura.