Traditionelle pflanzliche und tierische Lebensmittel aus den Rohstoffen der Schweizer Landwirtschaft leisten einen wertvollen Beitrag zur menschlichen Ernährung und nehmen einen wichtigen Platz in der Lebensmittelpyramide ein.
Agroscope setzt seit dem Jahr 2015 im Lebensmittelbereich den Fokus auf mikrobielle Systeme. Im Bereich Humanernährung stehen damit die physiologischen und biochemischen Wirkungen fermentierter Lebensmittel (v.a. Joghurt und Käse) im Mittelpunkt der Forschung, wobei das Ziel ist, mögliche gesundheitliche Nutzen und Risiken erkennen und bewerten zu können. Des Weiteren werden die Einflüsse spezifischer Lebensmittel auf mikrobielle Systeme des Menschen (Darmflora) sowie der Beitrag und die Wirkung bei der Fermentation entstehender Inhaltsstoffe (z.B. Vitamine, Peptide) untersucht. Dafür werden klassische klinische Parameter (z.B. Lipidprofil, Glukose, Insulin) angeschaut, aber auch Analysen aus dem Nutrigenomik-Bereich (Transkriptomik- und Metabolomik-Analysen) durchgeführt. Hinzu kommen sensorische und aromaanalytische Abklärungen, denn neben der Gesundheit spielt vor allem auch der Genuss eine wichtige Rolle in der Ernährung.
In den Jahren zuvor standen neben fermentierten Milchprodukten auch Milch, Fleisch, Fleischprodukte und Honig sowie verschiedene pflanzliche Lebensmittel und spezifische Lebensmittelkomponenten im Mittelpunkt der Forschung von Agroscope. Eine Übersicht dieser Arbeiten findet sich in den NutriScope Synthesen 2008-2010 und 2011-2013.