Les lactobacilles sont un composant important des aliments fermentés comme le yaourt, le fromage, les saucisses crues ou la choucroute etc. Une équipe internationale de chercheurs-euses a maintenant publié une classification actualisée de Lactobacillus.
Les lactobacilles appartiennent aux bactéries lactiques et sont un composant important des microbiotes des aliments fermentés comme le yaourt, le fromage, les saucisses crues, le pain au levain et la choucroute. Dans les aliments pour animaux fermentés (ensilages) également, ils jouent un rôle majeur dans le processus de fermentation. Au travers de la formation d’acides organiques, ils contribuent à la durée de conservation, à la sécurité et au goût de nombreux produits. En outre, certaines espèces sont capables de former des gaz (par exemple dans le cas de trous dans certains fromages à pâte mi-dure). Les métabolites et les enzymes que les lactobacilles forment sont en partie à l’origine de l’arôme caractéristique et de la consistance de nombreux aliments fermentés. De plus, ils disposent de nombreuses autres propriétés fonctionnelles souhaitées (probiotiques par exemple). Ils font donc depuis toujours partie intégrante de diverses cultures acidifiantes. Cependant, on les trouve aussi régulièrement dans la flore spontanée de matières premières et dans l’environnement de production et ils peuvent donc se retrouver dans le produit («flore d’exploitation»).
Outre leurs propriétés en tant qu’«organismes utiles», les lactobacilles peuvent également faire office de contaminants majeurs de la qualité et de la sécurité alimentaire par la formation d’amines biogènes dans le fromage et de fermentations indésirables dans le vin et la bière par exemple.
Avec le développement spectaculaire de la microbiologie scientifique à partir du milieu et de la fin du XIXe siècle, le rôle important des lactobacilles dans divers aliments a été progressivement élucidé) et les espèces (types) concernées ont été isolées, caractérisées et classées. L’ancien directeur de la Station fédérale de recherches laitières de Berne-Liebefeld Sigurd Orla-Jensen, d’origine danoise, a conçu le premier ouvrage complet sur la systématique des bactéries lactiques. Il a entre autres caractérisé et nommé Lactobacillus (L.) helveticus, L. casei, L. delbrueckii ssp. bulgaricus et L. plantarum.
Au départ, la caractérisation et la classification étaient basées sur des aspects purement phénotypiques («liés à l’apparence»): forme des cellules (microscopie), température et besoins en oxygène, utilisation de divers nutriments, formation de produits métaboliques, réaction à la coloration des cellules, etc. Les lactobacilles ont été décrits comme des organismes à gram positif, facultativement anaérobies, non sporulés et en forme de bâtonnets. La taxonomie de la nomenclature a été établie sur la base de ces résultats. Au cours des dernières années et décennies, le développement progressif de la biologie moléculaire a permis d’analyser les microorganismes de manière toujours plus précise, y compris au niveau génétique. Ainsi, les relations de parenté supposées (ou caractères communs supposés entre organismes) entre organismes ont dues être revues dans certains cas et des adaptations taxonomiques mineures ont été effectuées périodiquement.
Au cours des 100 dernières années, jusqu’en mars 2020, 261 espèces ont été rassemblées au sein du genre Lactobacillus, qui se caractérisaient par une diversité presque impossible à gérer en termes d’exigences environnementales et de caractéristiques génétiques et phénotypiques.
Le 15 avril 2020, une équipe internationale de scientifiques a publié une étude sur la nouvelle taxonomie de Lactobacillus conformément au state-of-the-art scientifique dans la revue renommée International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM) (cf. ci-dessous). Le contenu peut donc être considéré comme «officiel» et «scientifiquement contraignant». Il en ressort une répartition actualisée de Lactobacillus en 25 genres chacun ayant des propriétés largement uniformes en ce qui concerne les exigences environnementales et le métabolisme («phylogenèse»). Par conséquent, 25 noms de genre, partiellement nouveau, ont été proposés. Grâce à la nouvelle nomenclature, seuls les noms du genre ont été éventuellement adaptés, tandis que les noms des espèces ont été conservés même si le genre a changé. Ainsi, par exemple, Lactobacillus plantarum a été renommé en Lactiplantibacillus plantarum.
