Die Züchtung beim Obst konzentriert sich auf die Entwicklung neuer Sorten bei Apfel und Aprikose. Bei den Birnen sind Selektionen aus eigener Züchtung in der Auswahl.
Die Obstzüchtung entwickelt Sorten mit hoher Fruchtqualität, guter Produktivität und möglichst umfassender und dauerhafter Krankheitsresistenz. Bei den Resistenzen geht es beim Apfel um die Pilzkrankheiten Schorf und Mehltau sowie die Bakterienkrankheit Feuerbrand. In der Apfelzüchtung werden klassische und moderne molekulare Selektionsverfahren eingesetzt. International erfolgreich Apfelsorten von Agroscope sind ‚Milwa-Diwa®‘ und ‚La Flamboyante-Mairac®‘. Eine neuere Entwicklung bei den Aprikosen ist die Sorte ‚Heido‘. Verschiedene Projekte im Bereich der Obstgenressourcen bereichern die züchterischen Aktivitäten.
