Die Haltbarkeit von Sauermilchprodukten wird von den produktspezifischen Mikroorganismen und von den Kontaminanten bestimmt. Der Stoffwechsel, der an der Gärung beteiligten Milchsäurebakterien wird durch die Herabsetzung der Temperatur am Ende der Fabrikation stark reduziert. Zu einem vollständigen Stillstand des Stoffwechsels kommt es jedoch nicht, da die Milchsäurebakterien auch bei einer Lagertemperatur von 4 bis 5 °C noch säuern. Wie intensiv diese Nachsäuerung während der Lagerung von Joghurt sein wird, hängt vom Anfangs-pH-Wert und von der Lagertemperatur ab. Parallel zur Zunahme des Milchsäuregehaltes während der Lagerung verändert sich auch die Menge der L(+)- und D(-)-Milchsäure. Streptococcus thermophilus bildet ausschliesslich L(+)- und Lactobacillus bulgaricus nur D(-)-Milchsäure. Da die Streptokokken nur niedrigere Milchsäurekonzentrationen ertragen, wird während der Nachsäuerung die Milchsäure weitgehend von den Lactobazillen gebildet. Das bedeutet, dass es während der Nachsäuerung zur Zunahme der D(-)-Milchsäure kommt.
Parallel zur Zunahme der Acidität und der damit verbundenen Veränderung der Milchsäurebakterienflora kommt es zu Geschmacks- und Viskositätsveränderungen im Joghurt, die durch die Proteolyse der Lactobazillen bedingt sind. Die geschmacklichen Veränderungen sind vor allem in "Nature-Produkten" zu erkennen. Mit zunehmendem Alter kann der Joghurt leicht bitter werden.
Die Vermehrung von Fremdkeimen während der Lagerung von Sauermilchprodukten führt zum eigentlichen Verderb. Als Fremdkeimflora sind alle im Milchprodukt feststellbaren Keime zu betrachten, die nicht zu den eingeimpften Kulturenorganismen gehören. In das Produkt gelangen diese durch Überleben der Pasteurisation oder durch nachträgliche Rekontamination. Nur jene Fremdkeime, die sich in fermentierter Milch vermehren können, beeinträchtigen die Qualität des Produktes. Die gefährlichsten Kontaminanten sind zweifellos Hefen und Schimmelpilze. Die Kontamination erfolgt über Luft, Zutaten oder Verpackungsmaterial. Hefen und Schimmel vermehren sich vor allem bei höheren Lagertemperaturen rasch. Die Folgen sind geblähte Packungen und unerwünschte Veränderungen im Geruch, Geschmack und Aussehen. Der Verderb durch Kontamination kann nur durch tadellose Fabrikations- und Betriebshygiene, einwandfreie Hilfsstoffe und Zutaten sowie geschlossene, wenn möglich aseptische Fabrikationslinien vermieden werden.
