La conservabilità dei prodotti da latte acido è determinata dai microrganismi specifici del prodotto e dai contaminanti. Il metabolismo dei batteri di acido lattico coinvolti nella fermentazione viene notevolmente ridotto in seguito alla diminuzione della temperatura al termine della lavorazione. Non è tuttavia possibile bloccare completamente il metabolismo, poiché i batteri dell’acido lattico proseguono il processo di acidificazione anche a temperature di stoccaggio di 4-5°C. L’intensità di questo processo di acidificazione successiva durante lo stoccaggio dello yogurt dipende dal valore pH iniziale e dalla temperatura di stoccaggio. Parallelamente all’aumento del tenore di acido lattico durante lo stoccaggio varia anche la quantità di acido lattico L(+) e D(-). Lo Streptococcus thermophilus produce esclusivamente acido lattico L(+), il Lactobacillus bulgaricus solo acido lattico D(-). Poiché gli streptococchi sopportano solo concentrazioni minime di acido lattico, durante la fase di acidificazione successiva l’acido lattico viene ampiamente prodotto dai lattobacilli. Ciò significa che durante questo processo di acidificazione successiva si avrà un aumento dell'acido lattico D(-).
In parallelo all’aumento di acidità e alla conseguente modifica della flora batterica dell’acido lattico, il sapore e la viscosità dello yogurt subiscono variazioni a causa della proteolisi dei lattobacilli. Le variazioni gustative si avvertono principalmente nei "prodotti naturali". Con l’avvicinarsi della data di scadenza, lo yogurt può assumere un gusto leggermente amaro.
La riproduzione di germi estranei durante lo stoccaggio dei prodotti da latte acido causa un vero e proprio deperimento del prodotto. Rientrano nella flora di germi estranei tutti i germi riscontrabili nel prodotto e che non appartengono agli organismi di colture inoculati. I germi arrivano nel prodotto dopo essere sopravvissuti alla pastorizzazione o in seguito a una nuova contaminazione successiva. Solo i germi estranei in grado di riprodursi nel latte fermentato danneggiano la qualità del prodotto. I contaminanti più pericolosi sono senza dubbio i lieviti e gli aspergilli. La contaminazione avviene attraverso l'aria, gli additivi e i materiali d'imballaggio. Lieviti e aspergilli si riproducono rapidamente soprattutto a temperature di stoccaggio più elevate. Le conseguenze di tale effetto sono imballaggi rigonfi e alterazioni indesiderate dell’odore, del sapore e dell’aspetto. Il deperimento per contaminazione può essere evitato solo rispettando scrupolosamente le norme igieniche vigenti per la produzione e gli impianti e utilizzando prodotti ausiliari e additivi ineccepibili, nonché linee di lavorazione chiuse e possibilmente asettiche.
