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Les microorganismes jouent un rôle central dans les cycles biogéochimiques et sont des acteurs cruciaux dans tous les écosystèmes, y compris les systèmes agroalimentaires. Les collections de microorganismes occupent une place essentielle dans la préservation de la biodiversité. Au sein d’Agroscope, plusieurs de ces collections ont vu le jour au fil de décennies de recherches, regroupant une grande diversité de microorganismes provenant d’environnements variés. Elles représentent non seulement un précieux héritage du passé de la biodiversité microbienne suisse, mais aussi une ressource inestimable pour la recherche actuelle et future, ouvrant la voie au développement de nouveaux produits et applications. Les collections microbiennes d'Agroscope, riches en diversité taxonomique et fonctionnelle, sont un patrimoine clé de la biodiversité microbienne des systèmes agroalimentaires suisses, soutenant des projets de recherche nationaux et internationaux. Ces collections restent toutefois souvent méconnues. Le matériel biologique qu’elles contiennent, essentiel à de nombreuses études, nécessite un travail minutieux en amont, impliquant l'isolement, la purification et la caractérisation des souches microbiennes avant leur utilisation dans des recherches. Agroscope a reconnu cette valeur et a mis en place des initiatives pour mieux entretenir et valoriser ces ressources. Les collections, gérées de manière décentralisée, sont désormais mises en réseau afin d’encourager la collaboration scientifique. L'avenir de ces collections dépend d'un enrichissement constant des données, d'un accès numérique simplifié et de la valorisation de leur potentiel, afin de maximiser leur contribution à la recherche scientifique et à l'innovation.