Collection de microorganismes des denrées alimentaires fermentées
La collection en bref
La plupart des microorganismes de cette collection ont été isolés dans le courant du XXe siècle à partir de lait et de produits laitiers fermentés dans le cadre de projets de recherche. Ceux-ci visaient d’une part à comprendre le rôle des microorganismes dans la fabrication du fromage (fermentation lactique, formation des arômes et de la consistance de la pâte, formation des trous, mais aussi défauts) et, d’autre part, à développer des cultures acidifiantes ou auxiliaires.
Au fil du temps, des isolats provenant d’autres aliments fermentés ou non fermentés y ont été intégrés, comme p.ex. des levures de la vigne et du vin.
Au total, la collection comprend environ 15 000 isolats, principalement des bactéries lactiques et propioniques (sous forme de souches pures ou de mélanges de souches), mais aussi des levures, des champignons filamenteux ainsi que des bactériophages.
Statut
Au fil des décennies, voire des siècles, ce sont les fromagers suisses qui ont sélectionné de manière empirique les cultures microbiennes les mieux adaptées à la production de fromages de qualité. Par conséquent, les souches et mélanges de souches isolés de produits laitiers suisses sont depuis quelques années la copropriété d’Agroscope (Confédération suisse) et de la branche laitière et fromagère suisse. Agroscope assure leur entretien ainsi que la recherche, le développement et la production de nouvelles cultures de fermentation, qui sont commercialisées par une société anonyme (Liebefeld Kulturen SA, https://www.liebefeld-kulturen.ch/). Le reste de la collection n’a pas de statut particulier et l’échange de matériel biologique est régi par les règles prescrites par le protocole de Nagoya.
Applications
Historiquement, la collection a principalement joué le rôle de réservoir de souches pour la recherche fromagère (compréhension des mécanismes à l’œuvre lors de la fermentation du lait et la maturation du fromage) de même que pour le développement de cultures starter et auxiliaires destinées à la branche fromagère suisse. Récemment, le développement de cultures protectrices contre des espèces indésirables ou pathogènes a constitué un débouché nouveau pour les souches de la collection. De même, le nouveau marché des produits végétaux fermentés annonce de nouvelles applications pour les souches. La collection est en constante croissance, de nouveaux isolats étant continuellement obtenus à partir de diverses matrices.
Entretien
Les isolats sont conservés sous forme congelée et lyophilisée (fig. 2). Des copies (back-up) sont conservées sur des plusieurs sites d’Agroscope.
Les informations relatives aux isolats sont référencées dans une banque de données interne. Un outil en ligne (OpenGenomeBrowser) développé en collaboration avec l’Université de Berne met à disposition les génomes et offre des outils pour l’analyse de ces derniers.
