In der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts begannen die Erkenntnisse der Naturwissenschaften und der Technik stärker die landwirtschaftliche Produktion und Verarbeitung zu beeinflussen; so vor allem in der Düngung, Fütterung und Mechanisierung sowie in der zunehmenden Verarbeitung von Milch zu Käse und Kondensmilch. Dünger- und Futtermittelanalysen, Samen- und Milchkontrollen sowie die Erforschung der Käsegärung wurden notwendig. Die Umstellung von Getreidebau zur Milcherzeugung verlief parallel mit dem Aufschwung der Käsefabrikation. Die Ackerfläche wurde mehr als halbiert, dafür verdoppelte sich der Export von Käse von 1871/80 bis 1913 auf 36 Mio. kg; ein Viertel der Milchproduktion ging damals in den Export. Eine gute Käsequalität wurde entscheidend für den Milchpreis und das bäuerliche Einkommen.
Die ersten Versuchs- und Kontrollstationen entstanden an den neu errichteten kantonalen Landwirtschaftsschulen, die fast alle mit Gutsbetrieben ausgestattet waren: Kreuzlingen TG 1839-69, Strickhof ZH 1853, Rütti BE 1860, Muri AG 1861-73, Lausanne 1870, Sursee 1885, sowie an der 1871 eröffneten landwirtschaftlichen Abteilung der ETH Zürich. Von den zahlreichen privaten Initiativen seien erwähnt: die von R. Schatzmann geleitete Milchversuchsstation des Schweiz. Alpwirtschaftlichen Vereins in Thun (1872), die Samenkontrollstation von F.G. Stebler in Bern (1876) und diejenige in Lausanne sowie die vom Schweiz. Landwirtschaftlichen Verein angeordneten Analysen und Kontrollen von Handelsdünger (1864).
Auf der Basis eines Gutachtens wurden dannin der Botschaft des Bundesrates vom 12. März 1896 die prioritären Forschungsgebiete und die Aufgaben der Eidg. Versuchsanstalten umschrieben. Hauptmängel wurden vor allem in der Milchwirtschaft (Ursachen der Käsefehlgärungen, Einfluss der Milchqualität, der Fütterung usw.) geortet und die Schaffung einer Eidg. Milchwirtschaftlichen Versuchsanstalt stand im Vordergrund.
Umstritten war die Frage des Standortes. Aufgrund der bereits bestehenden Versuchsanstalten standen im Vordergrund: Zürich (Verbindung ETH), Bern und Lausanne. Der Kanton Bern erwarb einen geeigneten Landwirtschaftsbetrieb von 13.4 ha in Liebefeld/Köniz (5 km ausserhalb Bern) und schenkte diesen 1897 der Eidgenossenschaft zum Zweck der Errichtung der geplanten Versuchsanstalt. Damit war die Standortfrage entschieden.
In Liebefeld liess der Bund einen Versuchsanstalts-Neubau mit Vegetationshalle und Versuchskäserei errichten, die 1901 bezogen wurden. Liebefeld wurde damit Standort für die folgenden 3 Anstalten:
die „Versuchsanstalt für Agrikulturchemie“; hervorgegangen aus der 1865 gegründeten „Chemischen Versuchsanstalt“ der landwirtschaftlichen Schule Rütti BE, ab 1891 an der UNI-Bern und 1897 vom Bund übernommen.
die „Schweiz. milchwirtschaftliche Versuchsanstalt“; hervorgegangen aus dem 1899 durch den Bund vom Kanton Bern übernommenen „milchwirtschaftlichbakteriologischen Labor“ der Molkereischule Rütti (1889 gegründet).
Gutsbetrieb und Zentralverwaltung
Im Bundesratsbeschluss vom 30. Oktober 1900 wurde in Liebefeld auch eine sog. Zentralverwaltung eingerichtet mit der Aufgabe, das Rechnungswesen der im übrigen selbständigen Anstalten von Zürich, Bern und Lausanne zu betreuen sowie auf dem Gutsbetrieb Versuche durchzuführen und diese zu koordinieren; sie war auch zuständig für Bewilligungen zum Vertrieb landwirtschaftlicher Hilfsstoffe.
Mit der wirtschaftlichen Entwicklung und dem technischen Fortschritt in der Landwirtschaft nahmen auch die Aufgaben der Forschungsanstalten zu. Dazu kamen vermehrt auch amtliche Kontroll-, Beratungs- und Vollzugsaufgaben in den Bereichen landwirtschaftliche Hilfsstoffe (Samen, Dünger, Futtermittel etc.), Milchhygiene, Käsereien, Qualität und Sicherheit der Nahrungsmittel usw.. Die Forschungsanstalten waren daher auch immer eng mit dem BLW (früher Abteilung für Landwirtschaft) verbunden und genossen dort einen hohen Stellenwert; zwei Direktoren gingen gar aus den FA hervor: Josef Käppeli (1913-42) und Jakob Landis (1946-57).
Per 1. Januar 2014 wurden alle Forschungsanstalten unter dem Namen Agroscope zusammengeführt. Agroscope wurde zum Kompetenzzentrum des Bundes für die Forschung in der Land- und Ernährungswirtschaft. Vier Institute sind entstanden unter einer einzigen Leitung (CEO). Gleichzeitig wurde ein Agroscope-Rat geschaffen, der für die strategische Ausrichtung zuständig ist.
Die Reform wurde 2016 weitergeführt, die Struktur von Agroscope vereinfacht. Per 1. Januar 2017 wurden die vier Institute und neunzehn Forschungsbereiche aufgehoben. Die Forschungs- und Vollzugsleistungen von Agroscope werden durch zehn neu geschaffene Einheiten erbracht – drei Kompetenzbereiche für Forschungstechnologie und Wissensaustausch sowie sieben Strategische Forschungsbereiche. Ziel bleibt, die Kernaufgaben der Forschungsanstalt für Land- und Ernährungswirtschaft effizienter, flexibler und mit klarerem Leistungsprofil erfüllen zu können.
Liebefeld wurde zum Hauptstandort von Agroscope-Mitte und zum Hauptsitz von Agroscope. Zwei Einheiten haben ihr Zentrum in Liebefeld: Methodenentwicklung und Analytik, Mikrobielle Systeme von Lebensmitteln.