La production de produits d'origine animale est la branche la plus importante de l'agriculture suisse. La surface agricole utile se compose en Suisse de plus de 70 % de surfaces herbagères. Ces surfaces sont principalement utilisées pour l’affouragement basé sur les herbages des ruminants et des chevaux. Les ruminants en particulier peuvent fournir de précieuses protéines animales pour la consommation humaine en transformant la cellulose brute et en produisant du lait et de la viande.
L'un des plus grands défis pour la production animale sera la demande accrue en produits d’origine animale de qualité, dont la production aura été effectuée avec le moins d'impact possible sur l'environnement et en tenant compte de la raréfaction des ressources naturelles et du changement climatique. L'élevage d'animaux avec la génomique moderne peut y contribuer de manière importante, car elle est au début de la chaîne de production. Le potentiel génétique pour la qualité des produits, l'efficience des ressources et la rentabilité doivent être déterminés et utilisés, mais les possibilités de réduire la pollution de l'environnement et les émissions ayant un effet sur le climat doivent aussi être étudiées, ce qui contribuera également à améliorer l'efficience protéique. Pour garantir la capacité d'adaptation des animaux de rente et le progrès zootechnique, une attention particulière est accordée à la préservation d'une diversité génétique élevée au sein des populations d’élevage et des races.