Die Aktivitäten von ProfiCrops waren in vier Querschnittsthemen zusammengefasst, die als «Module» bezeichnet wurden. Die «integrierten Projekte» hingegen befassten sich mit sehr spezifischen Themen, die auf eine Branche des Pflanzenbaus ausgerichtet waren. Am Ende des Programms wurden die entwickelten Lösungen im Rahmen eines fünften Moduls, der sogenannten Synthese, geprüft.
