Methoden
Alle Analysen basieren auf der Polymerase-Kettenreaktion (PCR). Für eine Identifikation sequenzieren wir meistens ein diagnostisches DNA-Fragment wie z.B. COI für Insekten (Brunner und Frey 2002). Dieses Fragment kann auch für populationsgenetische Studien eingesetzt werden (Brunner et al. 2004). Populationsgenetische Studien werden allerdings in der Regel mit Mikrosatelliten untersucht (Brunner und Frey 2004, Pfunder und Frey 2005). In Fällen, bei welchen ein Massenscreening nötig sind, entwickeln wir Real-time PCR Nachweismethoden, um die Gel-Elektrophorese zu umgehen (Frey et al. 2004). Dieselbe Technologie wird für die quantitative Bestimmung von gewissen Genen verwendet, wie z.B. die quantitative Bestimmung von Heteroplasmie-Levels in Unkräutern (Frey und Frey 2005). Die Microarray-Technik wird entwickelt, um schwierige Diagnosen und Multiplex-Analysen zu vereinfachen (Pfunder und Frey, 2004, Pfunder et al. 2004, Deyong et al. 2004). Die Technologie basiert auf mit Amino-linked Oligonukleotiden beschichteten Glasobjektträgern. Der Nachweis geschieht mittels Fluoreszenz- oder Goldlabeling.
Ausrüstung
Unser Labor ist für PCR basierende molekularbiologische Arbeit inklusive Sequenzierungs-, Fragmentanalyse-, Klonierungs- und Microarray- Projekte voll ausgerüstet. Wir verfügen über acht 96-well Thermocycler (Perkin-Elmer, Techne) inklusive einen Gradient Thermocycler (Mastercycler gradient, Eppendorf), einen Pipettierroboter (epMotion 5075, Eppendorf), einen Roboter für magnetische Aufreinigung (BioSprint 96, Qiagen), einen 16-Kapillaren Sequenzierer und Fragment Analyzer (3130xl Genetic Analyzer, Applied Biosystems), Real-time PCR Maschine (7500, Applied Biosystems), ein DNA Concentrator (5301, Eppendorf), Ausrüstung für DNA Quantifizierung (NanoDrop ND-1000 Spectrophotometer, ND-3300 Fluorospectrometer, Witec) und für Gel-Elektrophorese und Visualisierung (UV light cabinet, AlphaInnoTech). Für Microarray Analysen verfügen wir über einen automatischen Spotter für solid und split pin spotting (QArray Mini, Genetix), eine automatische Objektträger Hybridisierungs-Station (SlidePro, GE-Amersham), und zwei Objektträger-Leser, einer für Fluoreszenz-Signale (GenePix 4100A) und einen für Silber- und Goldlabeling (HiLight Reader, Invitrogen)
