Méthodes
Toutes nos analyses sont basées sur la PCR. Pour l’identification, nous séquençons principalement un fragment d’ADN fréquemment utilisé en diagnostic tel que la COI pour les insectes (Brunner et Frey, 2002). Si possible, ce fragment est aussi utilisé pour les analyses de génétique des populations (Brunner et al. 2004). Toutefois, la génétique des populations s’étudie principalement à l’aide de microsatellites (Brunner and Frey 2004, Pfunder and Frey 2005). Lorsqu’une étude à large échelle est entreprise, nous développons des tests de PCR en temps réel qui permettent d’éviter l’utilisation de gel d’électrophorèse (Frey et al. 2004). Cette même technique est utilisée lorsque la quantification du nombre de gènes est demandée, comme lors de l’évaluation quantitative du niveau d’hétéroplasmie chez les adventices (Frey and Frey 2005). Les puces à ADN (microarray) sont également développées pour simplifier des diagnostics difficiles et des analyses combinées (multiplex) (Pfunder and Frey, 2004, Pfunder et al. 2004, Deyong et al. 2004). Cette technologie produite au sein du laboratoire utilise des lames de verre où sont imprimées des amorces oligonucléotidiques. La détection est ensuite basée sur des techniques de fluorescence ou de marquage à l’or..
Equipement
Notre laboratoire est totalement équipé pour tout travail de biologie moléculaire basé sur la PCR, et incluant le séquençage, l’analyse de fragments, le clonage et les puces à ADN. Nous disposons de 8 thermocycleurs à 96 puits (Perkin-Elmer, Techne) dont un à gradient (Mastercycler gradient, Eppendorf), un robot pipetteur (epMotion 5075, Eppendorf), un robot pour la séparation magnétique (BioSprint 96, Qiagen), un séquenceur à 16-capillaires analyseur de fragments (3130xl Genetic Analyzer, Applied Biosystems), une machine PCR à temps réel (7500, Applied Biosystems), un concentrateur d’ADN (5301, Eppendorf), des équipements pour la quantification de l’ADN (NanoDrop ND-1000 spectrophotometer, ND-3300 fluorospectrometer, Witec), pour l’électrophorèse sur gel et la visualisation (UV light cabinet, AlphaInnoTech). Pour les analyses à l’aide des puces à ADN, nous disposons d’un spotteur automatisé à aiguilles solides ou fendues (QArray Mini, Genetix), une station d’hybridation automatisée des puces (SlidePro, GE-Amersham), et de deux scanners de détection, l’un pour les signaux fluorescents (GenePix 4100A) et l’autre pour le marquage à l’or et l’argent.
