Il laboratorio di virologia e fitoplasmologia si occupa di diagnostica molecolare e sierologica, nonché di sorveglianza epidemiologica delle malattie da virus e fitoplasmi delle piante coltivate in Svizzera (tutte le colture), così come delle malattie da batteri nelle colture campicole e in quelle speciali (escluse la frutticoltura e l'orticoltura). Garantisce altresì la diagnosi di materiale certificato destinato all'importazione e all'esportazione. Virus, fitoplasmi e batteri sono causa di importanti perdite economiche e qualitative in tutte le piante coltivate; alcuni sono inoltre organismi di quarantena. Non esistono mezzi di lotta diretta contro questi organismi e la loro identificazione richiede metodi diagnostici di laboratorio devcro essere razionali, rapidi e affidabili.
Lo sviluppo e il mantenimento di anticorpi specifici resta prioritario e rientra in una collaborazione tra sfera privata e pubblica per l'elaborazione di test Elisa, applicati su larga scala sulla maggioranza delle piante coltivate. La ricerca e lo sviluppo di metodi molecolari o di produzione di nuovi anticorpi tramite la tecnica del phage display rientrano in progetti di sviluppo in collaborazione con altri istituti di ricerca. La lotta indiretta contro queste malattie passa per la moltiplicazione di materiale vegetale sano. Tale attività rientra nella certificazione che ogni anno richiede migliaia di analisi del materiale di base per le patate, la vite e gli alberi da frutto.