ANET-GB: Plateforme de bioinformatique

Le volet «Génomique et bioinformatique» est consacré à la mise en place d'un réseau d'experts à l'Agroscope et de l'infrastructure correspondante. L'objectif est de pouvoir mettre à disposition des projets de l'Agroscope l'infrastructure nécessaire au traitement des données et de pouvoir coordonner de manière optimale la planification, l'exécution et l'analyse de données dans le cadre de projets de collaboration.

La plateforme ANET-GB crée ainsi de nouvelles compétences-clés dans le domaine de l'analyse de données de séquençage de nouvelle génération  (données NGS), et ce, principalement en ce qui concerne les données relatives au séquençage du génome et du métagénome ainsi qu'au transcritpome (cf. figure). Dans une première phase, l'accent sera mis sur les objectifs du programme PRA Biodiversité microbienne et donc sur le domaine des microorganismes.

L'accès aux solutions logicielles pour l'analyse des données NGS (p. ex CLCBio, Geneious) se fera à l'aide de serveurs centralisés (Groupe Diagnostic moléculaire, génomique et bioinformatique).

A l'avenir, les données relevées seront intégrées à d'autres types de données afin d'avoir une vision plus complète. Enfin, il est prévu de développer des approches novatrices d'analyse et d'intégration des données (financement par des fonds de tiers). 

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