ANET-GB: Bioinformatik Plattform

Im Arbeitspaket „Genomik und Bioinformatik" geht es um die Einrichtung eines Agroscope-weiten Experten-Netzwerkes und der entsprechenden Infrastruktur. Das Ziel ist es, Agroscope-Projekten die für die Datenaufarbeitung notwendige Infrastruktur zur Verfügung zu stellen und im Rahmen von Kollaborationsprojekten Planung, Durchführung und Datenanalyse optimal begleiten zu können.

Das ANET-GB baut hierzu neue Kernkompetenzen im Bereich der Analyse von Next Generation Sequenzierungsdaten (NGS Daten) auf, und zwar hauptsächlich von Genomsequenz-, Metagenomsequenz- und Transkriptomdaten (siehe Abbildung). In der ersten Phase wird der Schwerpunkt auf die Ziele des AFP Mikrobielle Biodiversität und somit den Bereich der Mikroorganismen gelegt.

Der Zugang zu Softwarelösungen für die Analyse von NGS Daten (zB CLCBio, Geneious) wird über zentral verfügbare Server (Gruppe Molekulare Diagnostik, Genomik und Bioinformatik) realisiert werden.

Die erhobenen Daten sollen in Zukunft mit anderen Datentypen integriert werden, um so umfassendere Einblicke zu bekommen. Es ist darüber hinaus geplant, neuartige Ansätze zur Analyse und Integration von Daten zu entwickeln (Drittmittelfinanzierung).

Mikrobielle Biodiversitaet ANET Grafik

Verantwortlich