Spatafora J. W. , Sung G.-H. , Johnson D. , O'Rourke B. , Serdani M. , Spotts R. , Lutzoni F. , Hofstetter V., Miadlikowska J. , Reeb V. , Gueidan C. , Fraker E. , Lumbsch T. , Lücking R. , Schmitt I. e altri
A five-gene phylogeny of Pezizomycotina.
Mycologia, 98, 2006, 1020-1030.

Miadlikowska J. , Kauff F. , Hofstetter V., Fraker E. , Grube M. , Hafellner J. , Reeb V. , Hodkinson B. P. , Kukwa M. , Lücking R. , Hestmark G. , Otalora M. A. G. , Rauhut A. , Büdel B. , Scheidegger C. e altri
New insights into classification and evolution of the Lecanoromycetes (Pezizomycotina, Ascomycota) from phylogenetic analyses of three ribosomal RNA- and two protein-coding genes.
Mycologia, 98, 2006, 1090-1103.

Geiser D. M. , Gueidan C. , Miadlikowska J. , Lutzoni F. , Kauff F. , Hofstetter V., Fraker E. , Schoch C. , Tibell L. , Untereiner W. A. , Aptroot A.
Eurotiomycetes: Eurotiomycetidae and Chaetothyriomycetidae.
Mycologia, 98, 2006, 1055-1066.

James T. Y. , Kauff F. , Schoch C. , Matheny P. B. , Hofstetter V., Cox C. J. , Celio G. , Gueidan C. , Fraker E. , Miadlikowska J. , Lumbsh T. , Tauhut A. , Reeb V. , Arnold A. E. , Amtoft A. e altri
Reconstructing the early evolution of the fungi using a six-gene phylogeny.
Nature, 443, 2006, 818-822.

Matheny P. B. , Curtis J. M. , Hofstetter V., Aime V. , Moncalvo J.- M. , Ge Z.- W. , Yang Z.- L. , Slot J.- C. , Binder M. , Ammirati J.- F. , Baroni T. J. , Bougher N. L. , Wang Z. , Hughes K. W. , Lodge D. J. e altri
Major clades of Agaricales: a multilocus phylogenetic overview.
Mycologia, 98, (6), 2006, 982-995.

Redhead S. A. , Hofstetter V., Clémençon H. , Moncalvo J.-M. , Vilgays R.
Proposal to conserve a new type for Lyophyllum P. Karst. (Fungi, Basidiomycota, Agaricales).
Taxon, 54, (4), 2006, 1034-1036.

Lutzoni F. , Kauff F. , Cox C. J. , McLaughlin D. , Celio G. , Dentinger B. , Padamsee M. , Hibbett D. S. , James T. Y. , Beloch E. , Grube M. , Reeb V. , Hofstetter V., Schoch C. , Arnold A. E. e altri
Assembling the fungal tree of life, progress, classification, and evolution of subcellular traits. American Journal of Botany.
American Journal of Botany, 91, 2004, 1446-1480.

Hofstetter V., Clémençon H. , Vilgalys R. , Moncalvo J. M.
Phylogenetic analyses of the Lyophylleae (Agaricales, Basidiomycota) based on nuclear and mitochondrial rDNA sequences.
Mycological Research, 106, 2002, 1043-1059.

Moncalvo J.- M. , Vilgalys R. , Redhead S. A. , Johnson J. E. , James T. Y. , Aime M. C. , Hofstetter V., Verduin S. , Larssen E. , Baroni T. J. , Thorn R. G. , Jacobsson S. , Clémençon H. , Miller O. K.
One hundred and seventeen clades of euagarics.
Molecular Phylogenetics and Evolution, 33, 2002, 357-400.