La caractérisation de critères en lien avec l’adaptation, l’efficience et la résilience présente un grand intérêt chez les animaux de rente. Ils sont désormais mesurables par de nouveaux outils et approches basés sur l’utilisation du numérique et de l’imagerie en 2 et surtout 3 dimensions. Non invasifs et non-destructifs, ces outils fournissent de nouvelles potentialités pour un suivi fin et dynamique tout en réduisant l’intervention humaine dans l’expérimentation et l’élevage, et en respectant le bien-être des animaux. Les outils basés sur l’imagerie 3D ont d’abord été utilisés pour l’analyse de critères morphologiques classiques (tour de poitrine, hauteur au garrot…) ou non (surface, volume) chez les bovins (Le Cozler et al., 2019 a, b). Des suivis de génisses de race Holstein lors de leur croissance (Le Cozler et al., 2022) et de vaches après vêlage (Xavier et al., 2022a) ont aussi démontré que la croissance continuait en 2ème et 3ème lactation. Ces outils ont aussi capturé la dynamique morphologique selon les compartiments corporels (abdomen, tissus musculaires…), et établi de 1ères relations entre efficience alimentaire et volume ruminal des vaches laitières (Lebreton et al., 2020, 2021). Les outils basés sur l’imagerie 3D ont été comparés à d’autres équipements déjà éprouvés mais plus couteux afin d’estimer la composition corporelle chez la chèvre laitière (projet CompoRum; Lerch et al., 2021). Par la suite, les projets Comère et CompoMeat 3D chez les bovins (Xavier et al., 2022b ; Xavier et al., 2024) ont confirmé qu’il était possible d’estimer la composition chimique du vivant des animaux. En parallèle, l’outil Meat@ppli basé sur l’analyse d’image 2D d’une côte de bœuf prélevée à l’abattoir permet d’estimer la composition tissulaire et le persillé de l’entrecôte de la 6ème côte (Meunier et al., 2021). Cette approche a également été testée avec succès sur la 11ème côte (Xavier et al., 2023), dans le cadre de collaborations avec les équipes d’Agroscope (Suisse), partenaire privilégié de ces études. Ces applications font l’objet de déclarations d’inventions. Des outils similaires sont aujourd’hui testés sur le terrain à grande échelle par un autre partenaire historique et privilégié (Idele), via les projets Phéno3D et Meat@appli. Ces dispositifs équiperont bientôt de nouvelles unités expérimentales du département qui, impliquées dans des projets en cours d’évaluation (PEPR iREACT, Carnot F2E), pourront mettre en œuvre des approches automatisées à haut débit et fournir de nouveaux proxies d’intérêt sur animaux vivants. Les applications visées sont par exemple de suivre l’évolution du rendement en pièces bouchères d’intérêt au cours de la croissance, d’adapter et/ou de corriger les stratégies d’élevages et d’alimentation pour une utilisation raisonnée des ressources cruciale pour toute approche agroécologique. Ces critères peuvent donc être mesurés au niveau individuel et en dynamique grâce à l’imagerie. Ils seront à interfacer avec des simulateurs numériques des performances et des proxies moléculaires mesurés à certains stades clés afin d’élaborer des outils d’aide à la décision pour favoriser la multi-performance des animaux et des systèmes d'élevage et le développement de l’élevage sur mesure.
