Les maladies fongiques en lien avec les changements climatiques et les pratiques agronomiques sont des problèmes récurrents contre lesquels de nouvelles solutions doivent être trouvées. La recherche en grandes cultures et en viticulture s'oriente vers la découverte de produits d'origine naturelle pour lutter contre les maladies fongiques et le développement de produits antifongiques naturels pour une agriculture durable, l'identification des champignons pathogènes et leur suivi épidémiologique, l'entretien de la base de données et de la collection mycologique, la résistance variétale et le développement de modèles de prévision des risques disponibles sur Internet.
La mycologie a su innover en transférant son know-how dans le monde de la pathologie clinique, offrant ainsi une plateforme de compétences entre le monde agricole et la médecine tant en microscopie, biochimie, qu'au niveau analytique et moléculaire en recevant des financements externes.
La biotechnologie végétale répond aux projets PAN (plan d'action national pour la conservation et l'utilisation durable des ressources génétiques) par le développement des méthodes de cultures in vitro, l'entretien du conservatoire national de pommes de terre, l'identification moléculaire des variétés ainsi que l'assainissement des variétés virosées.
