Auf den Agroscope-Versuchsbetrieben untersuchen Forschende gemeinsam mit Obstfachleuten die Wirkung und Praxistauglichkeit von Innovationen. Dabei werden innovative Anbausysteme und Pflanzenschutzstrategien entwickelt, sowie Obstsorten gezüchtet und geprüft. Die Versuchsbetriebe für Obstbau sind in Wädenswil (Kanton Zürich) und in Wintersingen (Kanton Basel Land). Zudem stehen Agroscope Versuchsflächen auf dem Schul- und Versuchsbetrieb des Arenenbergs in Güttingen (Kanton Thurgau) zur Verfügung.
Zur Koordination der praxisnahen Forschung wurde 2004 das Forum Kern- und Steinobst geschaffen. Gemeinsam mit Vertreterinnen und Vertretern aus Produktion, Handel und Beratung werden jährlich Forschungsanliegen aus der Obstbranche diskutiert und priorisiert.