Die Sumpfkresse ist in Schweizer Gemüseanbaugebieten seit langem als problematisches Unkraut bekannt. Sie wird leicht verschleppt und lässt sich mit mechanischer Bekämpfung lediglich dezimieren. Eine chemische Bekämpfung ist im Gemüsebau nur während der Brache möglich. In Getreide und Mais sind selektive Herbizide mit Wirkung gegen Sumpfkresse zugelassen. Konsequentes Vorbeugen zahlt sich in jedem Fall aus.