Lorsque des bactéries persistent au sein de la production de denrées alimentaires, cela représente un défi particulier pour la sécurité alimentaire. Pour cette raison, Agroscope a lancé un nouveau programme de recherche qui doit permettre d’identifier les menaces potentielles pour l’homme et l’animal, d’élaborer des mesures de prévention et d’apporter des solutions permettant de diminuer la dissémination des germes tenaces.
Si des bactéries indésirables apparaissent dans la chaîne alimentaire, elles peuvent rendre le produit impropre à la consommation ou même provoquer des maladies chez les consommateurs-trices. La situation devient particulièrement délicate si, pendant la fabrication des denrées alimentaires, les agents pathogènes demeurent dans le système malgré diverses mesures, comme le nettoyage.
Différentes causes peuvent être à l’origine de cette présence continue («persistance»): par exemple, une introduction permanente de bactéries dans le système, l’apparition de résistances aux antibiotiques, la chaleur, la sécheresse, certains désinfectants ou l’implantation de germes dans des biofilms résistants, présents sur les surfaces de production.
Eviter des conséquences fâcheuses
Aujourd’hui, on ne dispose que de peu de connaissances au sujet des facteurs permettant de contrôler ces bactéries problématiques pendant la production et le stockage des denrées alimentaires. La lutte contre ces bactéries, en particulier si elles se montrent résistantes aux antibiotiques, prend de plus en plus d’importance, car de tels germes peuvent avoir de sérieuses conséquences dans les hôpitaux et peuvent être combattues uniquement au travers d’une approche globale dans les domaines de la médecine vétérinaire, de l’agriculture et de la médecine humaine.
C’est la raison pour laquelle une recherche microbienne orientée sur l’application à l’aide des méthodes les plus récentes est également nécessaires dans la production suisse de denrées alimentaires. Le programme de recherche d’Agroscope REDYMO (Réduction et dynamique des microorganismes résistants aux antibiotiques et persistants le long de la chaîne alimentaire) y contribue dans trois domaines sélectionnés de la fabrication de denrées alimentaires: les produits végétaux, le lait et l’engraissement des porcs.
Bactéries issues de la source d’eau
Dans la production de denrées alimentaires d’origine végétale, certains germes provenant de la surface des feuilles et de l’environnement de production sont caractérisés de manière plus approfondie en étroite collaboration avec des entreprises de production. De nouveaux procédés rapides sont utilisés pour identifier les bactéries de manière précise. Les premiers résultats ont montré l’impact important de la source d’eau sur la composition bactérienne de l’eau d’irrigation. En outre, on a également commencé à introduire une méthode par fluorescence optique afin de mettre en évidence la transmission de résistances entre les bactéries présentes sur la surface de plantes.
Certains germes forment des biofilms
Au niveau de la filière du lait, des échantillons ont été prélevés à différents endroits de la chaîne alimentaire (traite, lait de citerne, fromage au lait cru) et analysés quant à la présence de germes. Des chercheurs-euses d’Agroscope ont pu montrer que les transmissions naturelles de gènes à des bactéries intestinales pathogènes pouvaient engendrer une combinaison de diverses résistances contre le traitement thermique et les antibiotiques. En outre, certains sous-types de l’agent pathogène de la mammite forment des biofilms plus ou moins résistants après s’être adaptés au milieu de culture «lait». Des analyses du patrimoine génétique doivent maintenant permettre de faire la lumière par rapport à ces processus.
Antibiotiques et engraissement des porcs
Dans l’élevage porcin, on analyse l’effet des additifs alimentaires d’origine végétale sur la fréquence des diarrhées chez les porcelets avec pour objectif de diminuer l’utilisation prophylactique des antibiotiques dans l’élevage porcin. De plus, on enregistre la possible dissémination des germes résistants dans les installations d’affouragement liquide. Des études orientées vers la pratique ont été lancées à cet effet dans diverses exploitations.
Le programme de recherche d’Agroscope REDYMO qui dispose d’un réseau national et international a connu un lancement prometteur. L’objectif recherché est l’identification des menaces potentielles pour l’homme et l’animal et l’élaboration de mesures de prévention et de solutions afin de réduire fortement la dissémination des germes tenaces.
