Base de données sur les plantes toxiques et les phytotoxines
La base de données TPPT (Toxic Plant - Phytotoxin) - en libre accès - contient 844 plantes toxiques suisses ainsi que 1586 phytotoxines produites par ces plantes. Les données comprennent des informations botaniques sur les espèces végétales, leur distribution géographique ou leur toxicité pour l'homme et les animaux ainsi que des informations chimiques complètes avec des caractéristiques d'identification, des propriétés physico-chimiques et diverses toxicités calculées in silico. Ces informations permettent l'évaluation du risque dû aux phytotoxines ou des études sur leur présence dans l'environnement.
Phytotoxines
Les phytotoxines sont des métabolites secondaires toxiques produits par les plantes pour se défendre contre les herbivores, les insectes ou d'autres espèces végétales. Elles ont des structures moléculaires très variables et sont parfois présentes dans les plantes à des concentrations élevées. Nous étudions le comportement de ces phytotoxines dans l'environnement, car les études sur leurs effets dans l’environnement ne sont disponibles que pour un nombre limité de substances et des mesures plus complètes font défaut. Pour ce faire, nous avons rassemblé dans une base de données des informations provenant de diverses disciplines.
Figure 1: Représentation de la structure et du contenu de la base de données TPPT
La figure 1 illustre la base de données TPPT, en particulier sa structure et son contenu. Outre les principales informations sur les phytotoxines, les espèces végétales et leurs interrelations, la base de données contient plusieurs propriétés phytotoxiques supplémentaires. En ce qui concerne les propriétés physico-chimiques, la base de données englobe des prédictions d'EPI Suite et d'ACD/Labs. Les données sur la toxicité comprennent - si elles sont disponibles - des valeurs d’essai ainsi que des prédictions sur la toxicité aiguë du ProTox pour les rongeurs et la toxicité aquatique d'ECOSAR.
La base de données TPPT existe en deux formats. La version en SQLite offre de nombreuses fonctions et peut être utilisée par exemple par le biais de R. Vous trouverez davantage d’informations au sujet de SQLite sur le site Web suivant : https://www.sqlite.org/index.html. La version Excel est plus facile à utiliser, mais toutes les fonctions ne sont pas disponibles.
La base de données TPPT est décrite en détail dans l'article suivant :
Günthardt, B.F., Hollender, J., Hungerbühler, K., Scheringer, M., Bucheli, T.D.* 2018: Comprehensive Toxic Plants–Phytotoxins Database and Its Application in Assessing Aquatic Micropollution Potential. J. Agric. Food Chem. doi/10.1021/acs.jafc.8b01639
La présence de phytotoxines dans le milieu aquatique est étudiée à l’aide de simulations et de mesures dans l‘environnement afin d’analyser l’importance de ces micropolluants naturels.
