Les études s’intéressant aux champignons associés au bois de vigne se limitent généralement aux parties nécrotiques de ceps atteints d’esca. Ces champignons sont nombreux et appartiennent à des groupes systématiques très divers. Les espèces fongiques considérées comme responsables de l’esca ont également été isolées de jeunes plantes. Ces résultats suggèrent que l’esca pourrait être due à un déséquilibre de la communauté fongique normalement associée à la vigne. Pour étudier cette hypothèse, la communauté fongique a été isolée de ceps apoplectiques et de boutures saines de Chasselas. Les isolats fongiques ont été identifiés sur la base de leur morphologie, de leur vitesse de croissance, de leur expression enzymatique et de leur séquence ITS, puis classés phylogénétiquement par analyse combinée de quatre gènes. Les communautés fongiques isolées de bois atteints d’esca et sains sont très semblables et toutes deux dominées par les mêmes groupes de champignons, à savoir les Ascomycètes, principalement de la classe des Sordariomycetes (ordre des Hypocreales et Xylariales), mais les espèces qui les composent diffèrent partiellement. Cette analyse a permis de déterminer l’emplacement phylogénétique, jusqu’à présent incertain, de Phaeomoniella chlamydospora, Oidiodendron truncatum et Trichothecium roseum dans les Ascomycètes. Ces résultats laissent entrevoir des perspectives de diagnostic moléculaire pour le suivi de l’évolution des communautés fongiques du bois de vigne.