Les Collections Microbiennes d’Agroscope
Dans le cadre de ses diverses activités de recherche, Agroscope a collecté de nombreux microorganismes isolés de divers systèmes agricoles et alimentaires. Les collections microbiennes ainsi constituées au fil du temps englobent non seulement une vaste diversité taxonomique, comprenant des virus, des bactéries, des champignons, des oomycètes et des microalgues, mais elles couvrent également une grande variété de fonctions. Parmi ces microorganismes, certains sont des pathogènes pour les végétaux, les animaux ou les humains, tandis que d’autres ont des applications biotechnologiques, telles que le biocontrôle, la production d'aliments pour les humains et les animaux ainsi que la synthèse de composés bioactifs d’intérêt médical ou agronomique. Les microorganismes collectés représentent non seulement un patrimoine de la biodiversité microbienne suisse, mais occupent également une place centrale dans de nombreux projets de recherche réalisés par Agroscope.
Les collections d’Agroscope sont des structures essentielles pour conserver et entretenir ces ressources microbiennes et les mettre à disposition des chercheuses et chercheurs d’Agroscope et, plus largement, de la communauté scientifique dans le cadre de collaborations. Les activités liées à la préservation et à l’entretien des collections d’Agroscope ont été regroupées dans le projet «Microbes of Agroscope» (programme d’activité 2022-2025, projet 22.08.13.07.01).
Les différentes collections microbiennes recensées à ce jour sont présentées ici. Ces collections ont différents modes de fonctionnement et les ressources allouées à leur entretien sont hétérogènes.
N.B.: Agroscope n’est pas un fournisseur de ressources microbiennes. Cependant, l’échange d’isolats est envisageable dans le cadre de collaborations et est à évaluer au cas par cas. Pour cette raison, la liste détaillée des isolats n’est pas fournie. Veuillez prendre contact avec les responsables des collections pour plus de détails.
Informations complémentaires
Les collections
Collection de champignons entomopathogènes
Collection de microorganismes des denrées alimentaires fermentées
La plupart des microorganismes de cette collection ont été isolés dans le courant du XXe siècle à partir de lait et de produits laitiers fermentés dans le cadre de projets de recherche. Ceux-ci visaient d’une part à comprendre le rôle des microorganismes dans la fabrication du fromage (fermentation lactique, formation des arômes et de la consistance de la pâte, formation des trous, mais aussi défauts) et, d’autre part, à développer des cultures acidifiantes ou auxiliaires. Au fil du temps, des isolats provenant d’autres aliments fermentés ou non fermentés y ont été intégrés, comme p.ex. des levures de la vigne et du vin.
Collection de microalgues AlgoScope
La collection de microalgues AlgoScope a été créée en 2022 dans le cadre du projet Algafeed. Ce projet a pour but de proposer une alternative aux importations de protéines de soja, utilisées pour l'alimentation du bétail, par des protéines de microalgues produites localement.
Mycoscope
Les champignons sont utilisés depuis très longtemps à des fins alimentaires, médicales et divinatoires. Les Égyptiens les utilisaient comme levain, les Romains comme poisons pour éliminer leurs ennemis, les Aztèques comme drogues hallucinogènes et divinatoires. Dès le Ve siècle avant notre ère, les Chinois ont compris le potentiel des champignons comme remèdes sous forme de décoctions, d'alicaments (aliments thérapeutiques) ou d’autres préparations, et leur utilisation a été consignée dans un ouvrage séculaire, transmis d'un empereur à l'autre. Depuis des siècles, les champignons suscitent la curiosité. Cependant, ils étaient étudiés et considérés comme des plantes inférieures, sans fleurs, sans feuilles, apparaissant par magie par temps de pluie. En effet, jusqu'au XVIe siècle, on considérait que les champignons apparaissaient spontanément à partir du gel résultant de la décomposition des feuilles d'arbres. Même après l'invention du microscope, dès le début du XVIIIe siècle, des mycologues et scientifiques de renom tels que Pier Antonio Micheli et Robert Hooke ont observé des champignons et les ont décrits avec une grande précision, mais ont soutenu qu'ils appartenaient aux plantes inférieures, une partie très restreinte de la botanique. Ce n'est qu'au XIXe siècle que la science des champignons a connu un essor décisif, prenant le nom de mycologie. À cette époque, on a cessé de croire à la génération spontanée des champignons et on a commencé à les distinguer des plantes. Des monographies riches et détaillées sont publiées, impliquant les grands noms de la recherche mycologique tels que Fries, Persoon, De Bary, Saccardo et bien d'autres, jusqu'au professeur Heinz Clémençon, qui a consacré tant d'années à leur étude, en soulignant leur singularité. Ce n'est qu'en 1969 que Whittaker a fait des champignons un groupe à part entière et que les champignons ont atteint le rang de règne. Le développement des technologies, et notamment le séquençage de l'ADN et des génomes, a ouvert de nouveaux champs d'étude et permis de reconstituer l'histoire évolutive des êtres vivants et, bien sûr, des champignons, dont la classification a été sans cesse remaniée jusqu'à aujourd'hui. Comme c’est souvent le cas en science, les certitudes d'un jour sont bouleversées par les connaissances que permettent les nouvelles technologies. La classification des champignons, déjà très complexe en raison de leur modification génétique et de leur mutation permanente, est aujourd'hui remise en cause par des classifications basées sur des génomes entiers. La complexité du règne fongique est un véritable atout, un potentiel surprenant au cœur de la recherche biologique contemporaine avec ses outils de plus en plus sophistiqués, la microscopie électronique et la création de réseaux d'expertise permettant d'exploiter ces organismes dans les disciplines les plus variées, telles que la médecine, la protection des cultures, les fermentations, l'alimentation biotechnologique, les filtres à métaux lourds, les colorants et les arômes, pour ne citer que quelques exemples.
Collection de microorganismes pathogènes de l’abeille mellifère
La collection a été constituée dans le cadre de projets de recherche menés depuis 2006, principalement axés sur la maladie des larves d'abeilles causée par Melissococcus plutonius (fig. 1). La collection comprend actuellement 180 isolats, exclusivement des bactéries des genres Paenibacillus (20 isolats) et Melissococcus (160 isolats). La grande majorité des souches (167) ont été isolées dans des ruches suisses, mais la collection contient également quelques souches de référence (7) provenant de collections internationales ainsi que quelques souches isolées à l'étranger (6).
Collection de pathogènes humains et bactéries résistantes aux antibiotiques
La collection de pathogènes humains et bactéries résistantes aux antibiotiques contient principalement des isolats de Listeria monocytogenes, provenant essentiellement d'échantillons de produits laitiers analysés lors des épidémies de listériose survenues en Suisse dans les années 1980. Les isolats d'Escherichia coli représentent la deuxième espèce la plus abondante et comprennent les isolats essentiels de STEC. Staphylococcus aureus est la troisième espèce la plus abondante et ses isolats proviennent principalement de laiteries ou de vaches souffrant de mammites. Plus récemment, des bactéries résistantes aux antibiotiques, telles que les entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu ou les souches de Pseudomonas aeruginosa résistantes aux carbapénèmes, isolées de produits laitiers, de viande ou de produits frais, ont été intégrées dans la collection.
Collection de champignons phytopathogènes d’Agroscope
La collection comprend aujourd’hui environ 400 isolats, essentiellement du genre Fusarium et essentiellement de la Suisse. La création de la collection remonte à 1997, lorsque F. graminearum a été isolé du blé dans le cadre d’un projet de recherche. Par la suite, des isolats ont été continuellement collectés des échantillons de la pratique (monitoring) et utilisés pour nos propres essais sur le terrain et en laboratoire. Quelques isolats provenant de l'étranger font également partie de la collection. La mycothèque contient principalement des espèces isolées des céréales tels que F. graminearum, F. poae, F. avenaceum, F. culmorum, F. equiseti et F. langsethiae. La collection regroupe également des espèces isolées du maïs, par exemple F. verticillioides, F. proliferatum et F. subglutinans. Dans le cadre des projets visant à lutter des pathogènes à l’aide des antagonistes, la collection a été complétée avec des isolats de Clonostachys rosea et de Trichoderma spp.
Collection de virus et bactéries phytopathogènes
Collection suisse de champignons à mycorhizes
Les champignons à mycorhizes ont de nombreuses propriétés positives dans les écosystèmes agricoles. Lorsque les sols en manquent, il est possible d’inoculer les surfaces artificiellement. Nous analysons vos sols et des échantillons de racines et testons combien ils contiennent de champignons à mycorhizes. De plus, nous commercialisons également un inoculum de champignons à mycorhizes pour de multiples applications.
Pour en savoir plus
Les collections de micro-organismes d’Agroscope: trésors de la biodiversité invisible
Agroscope abrite un trésor: des collections uniques de micro-organismes. Des champignons aux microalgues, en passant par les bactéries des cultures fromagères, ces ressources sont essentielles pour faire avancer la recherche en faveur d’une agriculture plus durable.
Protection des végétaux
Innover pour diminuer le recours aux pesticides. Concrètement, plus de 40 projets d’Agroscope sont consacrés à la protection durable des cultures et contribuent au développement de la production intégrée.
Environnement et Ressources
Recherches pour une agriculture préservant la biodiversité, la qualité du sol, de l’air et de l’eau, sur fond de changement climatique.