Für die Entwicklung der Agrarpolitik ist es wichtig zu wissen, wie sich die Landwirtschaft auf die Umwelt auswirkt. Aus diesem Grund führen das Bundesamt für Landwirtschaft (BLW) und Agroscope, gestützt auf die «Verordnung über die Beurteilung der Nachhaltigkeit der Landwirtschaft» (SR 919.118), ein Agrarumweltmonitoring durch. Der Fokus dieses Agrarumweltmonitorings liegt auf den landwirtschaftlichen Praktiken und Prozessen (z.B. Anwendungen von Pflanzenschutzmitteln), während andere Monitoringprogramme für die Messung der tatsächlichen Umweltbelastung (z.B. Messung von Metaboliten im Grundwasser) zuständig sind. Das Agrarumweltmonitoring umfasst die Themenbereiche Nährstoffe, Boden, Energie, Klima, Wasser und Biodiversität. Die Resultate des Agrarumweltmonitorings erlauben es, politische Ziele wie die Absenkpfade für Nährstoffe und Pflanzenschutzmittel zu überprüfen. Es werden sowohl nationale Indikatoren berechnet, die vorwiegend auf nationalen Statistiken beruhen, als auch regionale Indikatoren, die vorwiegend auf betriebsspezifischen Daten basieren. Insbesondere für letzteres ist das sogenannte Monitoring des Agrarumweltsystems Schweiz (MAUS) verantwortlich. In MAUS werden viele existierende Datenquellen gesammelt und miteinander verknüpft, beispielsweise die AGIS- und HODUFLU-Daten des BLW, die georeferenzierten Nutzungsdaten der Kantone und Ertragsdaten verschiedener Verbände. Daten, die nicht bereits anderswo existieren und zugänglich sind, werden mit drei verschiedenen Methoden erhoben: 1) Daten aus Farm-Management-Informationssystemen können auf freiwilliger Basis mit speziell dafür programmierten Modulen an Agroscope geschickt werden; 2) mittels Algorithmen werden wichtige Informationen aus Satellitendaten gewonnen (z.B. Bodenbedeckung); 3) relevante gesamtbetriebliche Daten werden mittels einer Online-Umfrage erhoben. Die Resultate von MAUS können in beschränktem Mass auch dafür verwendet werden, Szenarien des Agrarsystems (z.B. veränderter Tierbestand) bezüglich ihrer Umweltwirkung zu beurteilen.
