Biodiversité microbienne

Le programme de recherche Agroscope (PRA) Biodiversité microbienne (MicBioDiv) a pour but d'étudier et de décrire les microbiomes, c.-à-d. l'ensemble des microorganismes d'un écosystème, ainsi que les fonctions des principaux acteurs de trois écosystèmes importants pour l'agriculture et la filière alimentaire.

Ces écosystèmes sont traités en trois volets dans le cadre d'une collaboration interdisciplinaire des chercheurs des différents instituts d'Agroscope. Le volet 1 concerne le microbiome du sol et ses multiples fonctions dans l'agriculture. Le volet 2 analyse le microbiome des plantes. Ces dernières forment un groupe de produits centraux dans l'agriculture, et interagissent de manières très diverses avec les microorganismes. Ce volet doit permettre d'identifier les microorganismes qui exercent une influence favorable sur les plantes et réduisent par exemple leur infestation par les agents pathogènes [1]. Le volet 3 analyse les microbiomes des produits laitiers fermentés, un groupe de produits agricoles important en Suisse.  

Un quatrième volet supplémentaire consistera à mettre en place un réseau Agroscope pour la génomique et la bioinformatique (ANET-GB), dont l'objectif sera d'assurer et de développer le savoir-faire méthodologique pour la recherche Agroscope. La compétence du diagnostic de génétique moléculaire sera ensuite étendue à d'autres domaines à moyen terme, par-delà le cadre microbien. 

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