Cette catégorie comprend les organismes nuisibles particulièrement dangereux qui sont déjà très répandus en Suisse mais dont la présence n’a pas encore été confirmée dans certaines régions et qui pourraient y causer des dommages importants.
Les organismes de quarantaine des zones protégées n’ont le statut d’organisme de quarantaine que dans les zones protégées exemptes de leur présence, mais pas dans le reste de la Suisse. Actuellement, seul le feu bactérien (Erwinia amylovora) est réglementé comme organisme de quarantaine de zone protégée en Suisse, et l’organisme nuisible n’a le statut de quarantaine qu’en Valais.