Le laboratoire de virologie-phytoplasmologie réalise le diagnostic moléculaire et sérologique, ainsi que le suivi épidémiologique, des maladies à virus et phytoplasmes des plantes cultivées en Suisse (toutes cultures), ainsi que des maladies à bactéries dans les grandes cultures et les cultures spéciales (sauf l'arboriculture et la culture maraîchère). Il assure également le diagnostic de matériel certifié destiné à l'importation et à l'exportation. Les virus, phytoplasmes et bactéries sont à l'origine d'importantes pertes économiques et qualitatives dans toutes les plantes cultivées et certains sont des organismes de quarantaine. Il n'existe pas de moyen de lutte directe à leur encontre et leur identification requiert des méthodes de diagnostic en laboratoire rationnelles, rapides et fiables.
Le développement et le maintien d'anticorps spécifiques reste prioritaire et s'inscrit dans un partenariat privé-publique pour le développement de tests Elisa appliqués à large échelle dans la plupart des plantes cultivées. La recherche et le développement de méthodes moléculaires ou de production de nouveaux anticorps par phage display sont des projets de développement en collaboration avec d'autres instituts de recherche. La lutte indirecte contre ces maladies implique la multiplication de matériel végétal sain. Cette activité s'inscrit dans la certification qui requiert annuellement des milliers d'analyses du matériel de base pour les pommes de terre, la vigne et les arbres fruitiers.
