Ensemble contre le feu bactérien – 2ème conférence nationale sur le feu bactérien

02.11.2018. Pour réussir à lutter contre le feu bactérien, le timing est important, ainsi que la ténacité, mais de nouvelles approches sont également nécessaires. Il en existe certaines, comme les antagonistes provenant de Suisse. Agroscope a trouvé des bactéries indigènes, la ZHAW des bactériophages - tous deux sont efficaces contre la bactérie responsable du feu bactérien en laboratoire. 

Cette année pendant la floraison des fruits à pépins, la température était certes favorable au feu bactérien, mais le climat était trop sec. Par conséquent, les infestations par le feu bactérien sont restées relativement réduites, a expliqué Alain Gaume, responsable du domaine de recherche Protection phytosanitaire chez Agroscope, lors de l’ouverture de la conférence. 

Des variétés robustes associées à des produits phytosanitaires, une combinaison très efficace

Anita Schöneberg et Vanessa Reininger, ainsi que d’autres chercheurs-euses utilisent une parcelle d’essai au centre des fruits à noyau d’Agroscope à Breitenhof, pour les tests sur le feu bactérien. Cette parcelle est unique en Suisse. Elle est entièrement recouverte de filets et équipée d’écluses afin que la bactérie du feu bactérien ne puisse pas se propager à l’extérieur. Des recherches y sont faites sur des stratégies efficaces de lutte contre le feu bactérien ainsi que sur la sensibilité de différentes variétés de pommes et de poires. 

Les arbres testés sont placés en pots dans la parcelle. Les arbres prévus pour le deuxième essai dans l’année sont stockés en chambre froide jusqu’à la fin du premier essai et ne fleurissent pas avant d’être placés dans la parcelle recouverte de filets en juin. La «cage» abrite des bourdons qui disséminent le feu bactérien à partir d’arbres individuels infectés à d’autres arbres dans la parcelle expérimentale. Jusqu’ici, des moyens et des stratégies très différents ont déjà été testés contre le feu bactérien. Deux de ces produits contre le feu bactérien sont LMA (tue les bactéries du feu bactérien) et Blossom ProtectTM (crée des conditions défavorables pour l’agent pathogène du bactérien et occupe la niche). 

Les chercheurs-euses d’Agroscope ont travaillé avec des numérations bactériennes élevées pour les besoins de l’essai. C’est ce qui explique le niveau d’efficacité plutôt faible des produits testés suivant les variétés. Sur la base des résultats des essais, il est recommandé de respecter des intervalles de traitement rapprochés lorsque le risque d’infection est élevé, ce qui permet d’augmenter l’efficacité. Cosima Pelludat, chercheuse chez Agroscope, a expliqué le problème d’efficacité réduite de la manière suivante: Après le premier traitement, la population d’agents pathogènes peut se régénérer immédiatement si les conditions sont bonnes. C’est pourquoi des intervalles de traitement rapprochés sont importants. Conclusion: une stratégie de protection phytosanitaire avec des variétés robustes et un produit phytosanitaire a permis d’obtenir les niveaux d’efficacité les plus élevés. 

Vanessa Reininger, chercheuse chez Agroscope, a cherché à savoir si le potentiel d’infection calculé par le modèle de pronostic du feu bactérien Maryblyt correspondait au nombre effectif d’agents pathogènes sur les fleurs de pommier dans la parcelle. Lorsque le nombre de cellules est très élevé, comme c’était le cas dans les essais, la corrélation n’est pas toujours donnée; cependant, une pression d’infestation aussi élevée ne se produit quasiment plus dans la nature parce qu’on intervient dès qu’un foyer est signalé. Vanessa Reininger recommande donc d’inclure dans la stratégie les alentours des plantations de fruits à pépins et d’arbres à hautes tiges, et d’assainir à la fois les plantations et leurs environs afin d’éliminer les foyers d’infection. 

Les microorganismes comme moyen de protection contre le feu bactérien

Les antagonistes représentent une stratégie alternative de lutte contre le feu bactérien. Ils prennent la place des agents pathogènes du feu bactérien sur les fleurs. Agroscope recherche des antagonistes suisses dans l’environnement, car il est plus facile d’obtenir une éventuelle autorisation si l’organisme est déjà naturellement répandu en Suisse. L'étude du microbiome des fleurs de pommier dans une parcelle d’Agroscope a révélé que peu d'espèces bactériennes dominent les fleurs. Celles-ci peuvent jouer un rôle important en tant qu’antagonistes du feu bactérien. 

Leandra Knecht de la ZHAW étudie les bactériophages contre le feu bactérien. Ils sont censés infecter les agents pathogènes du feu bactérien. Elle travaille également sur des organismes suisses. Ses travaux consistent à utiliser des cocktails de bactériophages pour que l’agent pathogène du feu bactérien ait le plus grand mal à s’adapter. 

Changement dans la réglementation du feu bactérien à partir de 2020

Alfred Kläy de l’OFAG a fait analyser l’efficacité des mesures officielles de lutte contre le feu bactérien par une société externe. L’analyse porte sur les années 2000 à 2014 et le rapport est disponible sur le site www.sante-des-vegetaux.ch. L’évaluation a montré que les mesures prévues par la directive n° 3 de l’OFAG conviennent en principe pour créer des conditions de production appropriées pour la production durable d’arbres fruitiers à pépins et de fruits à pépins. Cependant, l’évaluation a également montré que les nombreuses années d’expérience dans la lutte contre le feu bactérien permettent d’établir des recommandations sur la manière de gérer l’agent pathogène à l’avenir. Une plate-forme d’échange est nécessaire pour optimiser les mesures existantes. Et la recherche doit poursuivre ses efforts. En outre, l’agent pathogène du feu bactérien ne doit plus être classé comme organisme de quarantaine dans la nouvelle ordonnance sur la santé des végétaux à partir de 2020. Il s’agira alors d’un organisme réglementé non de quarantaine. En raison de la dissémination de l’agent pathogène bactérien dans le pays, le feu bactérien ne répond plus aux critères de réglementation en tant qu’organisme de quarantaine. Afin d’éviter un changement trop brutal en 2020, un groupe de travail étudie actuellement différents scénarios pour un changement progressif de la réglementation relative à cet agent pathogène. D’éventuelles dispositions transitoires sont actuellement à l’étude et évaluées. 

Variétés résistantes au feu bactérien pour un bon rendement

Simone Schütz, Sarah Perren et Anita Schöneberg d’Agroscope ont montré dans la serre à que point cela prend du temps de sélectionner des variétés de pommes résistantes au feu bactérien. Le(s) gène(s) de résistance issu(s) de pommes sauvages ne sont souvent disponibles qu’après la cinquième génération croisée, sans caractéristiques indésirables pour une variété commercialisable. Markus Kellerhals, responsable du groupe de recherche sur la sélection des pommes et les ressources génétiques des fruits, a parlé des essais de floraison au centre des fruits à noyau d’Agroscope à Breitenhof et des essais de pousse dans la serre sécurisée à Wädenswil. Les variétés qui réussissent l’essai et qui résistent au feu bactérien sont utilisées dans le programme de sélection. Enfin, le goût, l’aspect et les capacités de conservation des nouvelles variétés doivent aussi être testées, qu’il s’agisse de fruits à cidre ou de fruits de table. 

Agroscope étudie également des méthodes de sélection modernes. Andrea Patocchi, spécialiste chez Agroscope, explique que la cisgénétique est une méthode par laquelle des gènes de résistance, qui pourraient également être obtenus par croisement conventionnel, peuvent être introduits dans une variété de pomme existante sans altérer les autres caractéristiques de la variété, comme le goût ou l’aspect.