En Suisse, les deux principales maladies affectant le noyer sont l’anthracnose du noyer, causée par le champignon Ophiognomonia leptostyla, et la bactériose du noyer, causée par la bactérie Xanthomonas arboricola pv. juglandis. Il est souvent difficile de distinguer ces deux maladies, les symptômes étant similaires.