L'ordonnance fédérale sur la protection des végétaux contient une liste d'organismes (« organismes de quarantaine »). Comme ceux-ci ne sont pas encore répandus en Europe ou qu'ils le sont très peu, des mesures officielles ont été prescrites pour empêcher leur dissémination. Un élément important est le passeport phytosanitaire. Il certifie que la présence d'organismes de quarantaine a été officiellement contrôlée dans la plante produite par une pépinière. L'autre élément est l'obligation d'annoncer. Les producteurs aident avec celle-ci à rendre public l'apparition de ces organismes. L'état de quarantaine permet aux services cantonaux d'ordonner les mesures officielles à prendre contre ces organismes, mais également d'être aidés financièrement et de verser des indemnisations aux producteurs.

Les principaux organismes de quarantaine en viticulture qui concernent les producteurs avec leurs moyens de lutte sont la flavescence dorée de la vigne et son vecteur, la cicadelle Scaphoideus titanus. Les deux sont présents au Tessin, le vecteur seulement régionalement au Nord des Alpes et la maladie pas encore. Les deux sont soumis à une surveillance nationale. Si des ceps contaminés sont découverts, ils sont détruits.