La fitopatologia è lo studio delle malattie delle piante provocate da virus, batteri, alghe, fitoplasmi e funghi. Si basa sui lavori di ricerca di Anton de Bary considerato il padre fondatore della fitopatologia classica dopo aver pubblicato, nel 1861, un’opera sulla causa e sulla prevenzione della malattia della patata.
Le malattie delle piante hanno un notevole impatto sulle colture e provocano elevate perdite in termini di qualità e resa. A causa delle sostanze tossiche sprigionate si possono correre anche rischi per la sicurezza delle derrate alimentari e degli alimenti per animali. Per la lotta alle malattie delle piante, ogni anno, su scala mondiale, si verificano costi e perdite per diversi miliardi di euro.

Agroscope sviluppa nuovi metodi di diagnosi, prognosi, monitoraggio e regolazione degli agenti patogeni. A tale scopo vengono impiegate e messe a punto nuove tecniche, quali, ad esempio, innovazioni nella metodologia molecolare e in informatica.
Viene studiato l'impatto dei fattori di coltivazione e ambientali sui fitopatogeni, viene verificata la predisposizione alle malattie delle varietà vegetali e vengono messe a punto nuove strategie di coltivazione e protezione fitosanitaria. L'obiettivo è consentire una produzione di derrate alimentari e di alimenti per animali sicura e di qualità elevata. La protezione dell'ambiente e la sostenibilità della produzione hanno un ruolo determinante in tal senso.