Un esempio di malattia temuta nell'agricoltura biologica è la carie del frumento. Una volta colpito da questa malattia fungina, il frumento non è più commestibile e diventa tossico. Grazie a sementi sane si evitano problemi legati alle malattie, per questo le sementi biologiche vengono sottoposte a controllo per rilevare la presenza di carie del frumento. Non sempre si ottengono sementi incontaminate nella produzione biologica e quindi si vagliano e si sviluppano prodotti per la concia delle sementi biocompatibili, basati su sostanze naturali. Si tratta in particolare di fungicidi su base vegetale, che vengono prima analizzati in laboratorio per testarne l'azione sulla germinazione e sulla crescita dell'agente patogeno della carie del frumento. Successivamente i prodotti migliori sono sottoposti a test sul campo e nella camera climatizzata con frumento e spelta. La sperimentazione si concentra, inoltre, sulla messa a punto di tecniche di applicazione e formulazione per ottimizzare l'azione.
La stessa procedura viene applicata per sviluppare un prodotto per la concia efficace contro la muffa delle nevi, in grado di provocare enormi perdite di resa nella cerealicoltura biologica. Per garantire colture biologiche robuste vengono messi a punto prodotti fitosanitari per la lotta alle fusariosi del frumento, malattie particolarmente temute per la formazione di sostanze tossiche, la cui valenza è cresciuta negli ultimi anni.
Phytophthora infestans causa notevoli perdite quasi ogni anno nella coltivazione biologica di patate. Una volta insorta, la malattia finora può essere contrastata soltanto con fungicidi a base di rame, nocivi per l'ambiente. Per sostituire il rame si sta analizzando l'azione di prodotti fitosanitari su base vegetale, testando altre possibili sostanze non dannose per l'ambiente da impiegare nella coltivazione biologica delle patate. Viene, inoltre, ottimizzato il sistema di previsione PhytoPRE, in maniera da ridurre il dosaggio dei fungicidi contenenti rame utilizzati nell'agricoltura biologica, e per poter impiegare nuove alternative in maniera efficace e mirata.