Agroscope führt seit 2008 drei fachübergreifende Forschungsprogramme durch zur Sicherung der Zukunft des Schweizer Pflanzenbaus unter weitgehend liberalisierten Marktbedingungen («ProfiCrops»), zu Produktqualität und -sicherheit, Gesundheit und Ernährung («NutriScope») sowie zum Beitrag der Landwirtschaft zur nachhaltigen Entwicklung von montanen Räumen («AgriMontana»).

Das Programm „AgriMontana“ orientiert sich an der Leitidee, dass sich montane Räume nachhaltig entwickeln können und den Ansprüchen der lokalen Bevölkerung und der übrigen Gesellschaft umfassend gerecht werden. Es sollen dabei Handlungsgrundlagen und Politikmassnahmen erarbeitet werden. Zudem sollen Entscheidungshilfen für regionale Akteure und für eine Politik entwickelt werden, die eine nachhaltige Entwicklung montaner Räume sichert.

Das Programm „NutriScope“ hat zum Ziel, entlang der Lebensmittelkette, vom Anbau bis zum verzehrsfertigen Produkt, die über die Qualität, Sicherheit und Gesundheit entscheidenden Grössen zu optimieren, um den Konsumentinnen und Konsumenten ein Maximum an Mehrwert zu bieten. Es werden in erster Linie die wirtschaftlich wichtigsten, mit Rohprodukten aus der schweizerischen Landwirtschaft hergestellten, Lebensmittel bearbeitet.

Ziel des Programms „ProfiCrops“ ist die Erarbeitung, Bereitstellung, Bewertung und der Transfer des Wissens, um dem Pflanzenbau in der Schweiz in einem weitgehend liberalisierten Markt eine Zukunft zu sichern und das Vertrauen der Konsumenten in einheimische Produkte zu stärken.