Stebler wurde zum ersten Leiter der "Schweizerischen Samenuntersuchungs- und Versuchsanstalt" ernannt. Die "Schweizerische agrikulturchemische Untersuchungsanstalt" leitete Ernst August Grete (1848-1919). Anfänglich unterstanden beide Stationen dem schweizerischen Schulrat. 1898 wurden sie von der Hochschule losgelöst und als selbständige Stationen dem Eidgenössischen Landwirtschaftsdepartement unterstellt. Untergebracht waren die beiden Stationen in den ersten Jahren im Dachstock der landwirtschaftlichen Abteilung der ETH Zürich. 1886 zogen sie in den rechten Flügel des neuerstellten Chemiegebäudes um.

Zu Beginn bewältigten die Leiter der beiden Institute die Arbeit praktisch als "Ein-Mann-Betriebe", doch wuchs der Personalbestand bald. Vor allem die Samenkontrollstation, welche ihr Gründer Stebler 42 Jahre lang geschickt und erfolgreich leitete, entwickelte sich zu einem Institut von Weltruf. Durch seine grundlegenden Arbeiten auf dem Gebiet des Futterbaus fand Stebler Anerkennung und Wertschätzung weit über die Grenzen der Schweiz hinaus.

In zahlreichen Vorträgen und Kursen motivierten Stebler und Grete die Landwirte dazu, die landwirtschaftlichen Hilfsstoffe gemeinsam zu beziehen. Dadurch konnten nicht nur Preisvorteile erzielt werden. Verbunden mit der Kontrolle garantierte dieses Vorgehen auch den Bezug einwandfreier Ware. Die schweizerischen landwirtschaftlichen Kontrollstationen leisteten damit einen wesentlichen Beitrag zur Gründung der landwirtschaftlichen Genossenschaften.

Am 1. Januar 1920 wurden die beiden Anstalten zur "Eidgenössischen landwirtschaftlichen Versuchsanstalt Zürich-Oerlikon" vereinigt. Die Kontrolle der landwirtschaftlichen Hilfsstoffe absorbierte in der folgenden Zeit den grössten Teil der Arbeitskraft und der Mittel. Um der Flut neuer Hilfsstoffe und den sich häufenden Missständen Herr zu werden, wurde die Entwicklung neuer und effizienterer Kontrollmassnahmen vorangetrieben.

Bei den Kartoffelsorten herrschte damals ein grosser Wirrwarr. In Zusammenarbeit mit der "Vereinigung schweizerischer Versuchs- und Vermittlungsstellen für Saatkartoffeln" (V.S.V.V.S.; gegründet 1925) wurden Anbauversuche für Kartoffeln durchgeführt, die eine Sortenbereinigung ermöglichten. In dieser Zeit wurde erstmals die Bedeutung der Viruskrankheiten für den Kartoffelanbau erkannt. Als Reaktion darauf setzte die Erzeugung von Saatkartoffeln ein.

Im Bestreben, aus früheren Fehlern zu lernen, erfolgte eine rasche Reaktion, als sich die politische Situation in Europa in den 30er Jahren des letzten Jahrhunderts verschärfte. Frühzeitig wurden kriegsvorsorgliche Massnahmen in die Wege geleitet. Friedrich Traugott Wahlen, seit 1929 Leiter der Versuchsanstalt, übernahm die Leitung der Sektion für landwirtschaftliche Produktion und Hauswirtschaft im Eidgenössischen Kriegs-Ernährungsamt. Als Leiter des Anbauwerks 1940 bis 1945, der so genannten Anbauschlacht, gewann Wahlen in der schweizerischen Öffentlichkeit eine Popularität, wie sie in der Schweiz nur von wenigen Persönlichkeiten je erreicht wurde.

Mit Kriegsausbruch stellte sich die Versuchsanstalt in erster Linie in den Dienst des Anbauwerks. Im "Bericht über die Tätigkeit der Eidgenössischen Landwirtschaftlichen Versuchsanstalt Zürich-Oerlikon für die Jahre 1938 bis 1942" lobt Wahlen die Rolle der Versuchsanstalt beim historisch denkwürdigen Anbauwerk:
"Der Berichterstatter möchte denn auch an dieser Stelle gerne seinen Mitarbeitern gegenüber den Dank abstatten für manche Anregung und manche Hilfe, die ihm in der Organisation und Durchführung des Anbauwerkes zustatten gekommen sind und die in hohem Masse dessen Erfolg gewährleisten halfen."

In den Nachkriegsjahren zweifelte auch in der Landwirtschaft kaum ein Entscheidungsträger an der Perfektion und der Effizienz technischer Errungenschaften, welche die Entwicklung dieser Zeit prägte. Die "Anbauschlacht" zeigte nachhaltige Folgen für die schweizerische Agrarpolitik. Es wurde angestrebt, eine Ackerfläche von mindestens 300 000 Hektaren halten zu können. Unter dem Eindruck des "Kalten Kriegs", welcher die politische Situation in Europa prägte, wurde weiterhin ein angemessener Selbstversorgungsgrad des Landes angestrebt.

Die Aufgaben zur Kontrolle landwirtschaftlicher Hilfsstoffe sowie die Auskunfts- und Beratungstätigkeit, hauptsächlich zu Fragen der Düngung und des Pflanzenschutzes, beanspruchte in den Versuchsanstalten weiterhin viel Personal, Mittel und Einrichtungen. Mit den "Mitteilungen für die Schweizerische Landwirtschaft" verfügte die Versuchsanstalt ab 1953 über ein eigenes Publikationsorgan.

Im Kartoffelbau stand die Produktion gesunder Saatkartoffeln im Zentrum der Tätigkeiten. Die Anstalten Zürich-Oerlikon und Lausanne schafften in der Getreidezüchtung 1948 mit "Probus", einer Winterweizenzüchtung, den ersten grossen Durchbruch. Mit "ORLA 266" wurde 1955 der erste eigene Maishybrid ins schweizerische Richtsortiment aufgenommen. Im selben Jahr wurde mit der züchterischen Bearbeitung von Futterpflanzen begonnen, und es wurden zum ersten Mal die "Standardmischungen für den Futterbau" publiziert.

Die Forschung wandte sich immer stärker der Entwicklung schonender Produktionsmethoden sowie der Qualitätsverbesserung des Erntegutes zu. Intensiv gefördert wurde das Qualitätssaatgut von Getreide, Mais, Kartoffeln, anderer Ackerkulturen und Futterpflanzen. In- und ausländische Neuzüchtungen wurden unter den hiesigen Anbaubedingungen geprüft und erfolgreiche Sorten in entsprechenden Sortenlisten publiziert. Diesen Arbeiten diente auch ein Versuchsnetz, welches zusammen mit der Forschungsanstalt Changins und mit Hilfe des Schweizerischen Saatzuchtverbands eingerichtet wurde. Eine grosse Zahl von zum Teil sehr erfolgreichen Neuzüchtungen bei Winter- und Sommerweizen, Dinkel, Mais, Klee- und Gräserarten zeugen von der effizienten Zuchtarbeit während dieser Jahrzehnte. Seit den 90er Jahren kommen dabei auch biotechnische Methoden wie "molekulare Marker" zum Einsatz.

Neben den chemischen Bekämpfungsverfahren erlangten im Pflanzenschutz biologische Verfahren immer grössere Bedeutung. Begriffe wie "kritische Befallszahl" oder "wirtschaftliche Schadschwelle" wurden zu Leitbegriffen. Die neuen Pflanzenschutzverordnungen schrieben die biologische Prüfung von Präparaten vor und regelten den Ausbau von Warn- und Meldediensten. Die "Düngungsrichtlinien für den Acker- und Futterbau" erleichterten die Düngeberatung ebenso wie Bodenkarten, welche vom Bodenkartierungsdienst veröffentlicht wurden. Dargestellt im Massstab 1:25'000 enthalten diese Karten Erläuterungen über Anbaueignung, Bewässerungsbedürftigkeit und Belastbarkeit des Bodens für Flüssigdünger. In Zusammenhang mit dem Ausbau der landwirtschaftlichen Forschungsanstalten wurde in den 60er Jahren für Fragen des Natur- und Kunstfutterbaus eine Futterbaugruppe geschaffen.