Die Forschung von Agroscope ist stark mit der Schweizer Landwirtschaft sowie weiteren ihr vor- und nachgelagerten Kreisen vernetzt. Damit Anliegen aus diesem Netzwerk direkt in die Forschung einfliessen können, existieren Begleitende Expertengruppen - für jede der drei Agroscope-Einheiten eine Gruppe, die aus Mitgliedern dieser interessierten Kreise bestehen. Der Direktor der jeweiligen Forschungsanstalt führt den Vorsitz.

Die Begleitenden Expertengruppen bringen nicht nur Praxis-Anliegen ein, sondern stehen den Forschungsanstalten auch beratend zur Seite und helfen mit, Agroscope der breiten Öffentlichkeit näherzubringen. Folgende Kreise sind vertreten: die landwirtschaftliche Praxis, Branchenverbände, Konsumenten-, Umwelt- und Tierschutzorganisationen, Bundesämter und kantonale Stellen, Hochschulen und Fachhochschulen sowie die landwirtschaftliche Beratungszentrale Agridea.

Die Begleitenden Expertengruppen tagen mindestens einmal pro Jahr. Die Mitglieder der Expertengruppe von ACW sind:  

• Rik Eggen, Stv. Direktor, EAWAG
• Josiane Enggasser, Vizedirektorin Schweiz. Obstverband SOV
• Pierre-Yves Felley, Chambre Valaisanne d'agriculture
• Willy Geiger, Vizedirektor Bundesamt für Umwelt BAFU
• Jean-René Germanier, Weinbauer, Nationalrat
• Fritz Glauser, Schweizerischer Getreideproduzentenverband
• Michel Gygax, Vorsitzender der kant. Pflanzenschutzdienste, Umwelt und Landwirtschaft
• Rudolf Haudenschild, Chefredaktor Schweizer Bauer
• Urs Hilber, Direktor ZHAW Zürcher Hochschule für Angewandte Wissenschaften
• André Horisberger, Biobauer
• Huma Khamis, Responsable des tests scientifiques, Fédération Romande des Consommatrices FRC
• Norbert Locher, Leiter Technical Development and Regulatory Affair, Syngenta-Agro AG
• René Longet, Président Equiterre
• Tiziano Pedrinis, Dip. Economia e Finanze, ex Sez. Agricoltura, Bellinzona
• Dominique Rouvinez, Administrateur , Caves Orsat
• Ulrich Ryser, Directeur AGRIDEA
• Thomas Stamm, Stamm Weinbau, Vorsitz deutschschweizer Forum Forschung Weinbau
• Prof. Walter Achim, Institut für Agrarwissenschaften, ETH Zürich
• Marc Wermelinger, Directeur, Swisscofel