Fino a fine 2013 Agroscope è operativo nelle tre unità ACW (Agroscope Changins-Wädenswil), ALP-Haras (Agroscope Liebefeld-Posieux, incl. Istituto nazionale svizzero di allevamento equino) e ART (Agroscope Reckenholz-Tänikon).
La nuova organizzazione che prevede quattro istituti di ricerca e l’Unità Risorse entrerà in vigore nel 2014 (cfr. PDF Organigramma Agroscope). Il Consiglio Agroscope, presieduto dal direttore dell’UFAG Bernard Lehmann e incaricato della gestione strategica, e il Consiglio di direzione responsbile per le questioni operative, hanno avviato la loro attività già a inizio 2013. A ciascun responsabile d’istituto è assegnato altresì un compito strategico inter-istituti.