Bis Ende 2013 arbeitet Agroscope in den drei Einheiten ACW (Agroscope Changins-Wädenswil), ALP-Haras (Agroscope Liebefeld-Posieux, inkl. Gestüt) und ART (Agroscope Reckenholz-Tänikon).
Die neue Organisation mit den vier Forschungsinstituten und der Facheinheit Ressourcen tritt 2014 in Kraft (siehe PDF Organigramm Agroscope). Der Agroscope-Rat, dessen Vorsitz der BLW-Direktor Bernard Lehmann innehat und bei dem die strategische Führung liegt, und die Geschäftsleitung, welche die operative Verantwortung trägt, haben ihre Tätigkeit bereits Anfang 2013 aufgenommen. Jedem Institutsleiter obliegt zusätzlich eine institutsübergreifende strategische Aufgabe.