Il compito principale delle tre stazioni di ricerca agronomica riunite in Agroscope è svolgere attività di ricerca per l'Ufficio federale dell'agricoltura (UFAG).

Gli obiettivi sono stabiliti nel concetto di ricerca Agroscope 2008-2011:

1. Un settore agricolo economicamente produttivo
   Competitività e innovazione, sicurezza e qualità degli alimenti a prezzi adeguati a quelli del mercato, costi di produzione più bassi.
   
   
2. Un settore agricolo maggiormente responsabile sul piano ecologico ed etologico
   Salvaguardia e utilizzo sostenibile delle risorse naturali quali suolo, acqua, aria, paesaggio e biodiversità; miglioramento dell'efficienza energetica e dei combustibili; comprensione dei rapporti tra ecosistemi; valutazione delle conseguenze della tecnologia; ecotossicologia in ambito agricolo; prestazioni ambientali del settore agricolo; allevamento a misura della specie; benessere degli animali.
   
   
3. Uno sviluppo socialmente sostenibile del settore agricolo
   Aumento del valore aggiunto nelle zone rurali, situazione reddituale in rapporto alla qualità della vita, dinamica delle strutture, possibilità di adattamento; effetti sulle zone rurali.
   
   
4. Diagnosi precoce
   Mettere a disposizione le conoscenze per le sfide del futuro. Settori quali alimentazione e salute, innovazione dei prodotti, standard di qualità e ambientali, flusso di merci, cicli chiusi, cambiamenti climatici.
   
   
5. Ricerca orientata al problem solving
   La risoluzione effettiva dei problemi spesso richiede un approccio olistico transdisciplinare e innovativo.
   
   
6. Comunicazione
   I risultati delle ricerche vengono messi a disposizione degli utenti in modo da essere facilmente fruibili. La ricerca deve essere trasparente e di grande forza comunicativa, per poter entrare in dialogo con il vasto pubblico.