La tâche principale des trois stations de recherche regroupées sous le label Agroscope est une mission de recherche pour l'Office fédéral de l'agriculture (OFAG).

Les objectifs en sont définis dans le concept de recherche Agroscope 2008-2011 :

1. Un secteur agricole performant sur le plan économique
   Compétitivité et innovation, sécurité et qualité des produits alimentaires à des prix en adéquation avec le marché et moyennant de moindres coûts de production.
   
   
2. Un secteur agricole responsable au plan écologique et éthologique
   Préservation et utilisation responsable des ressources naturelles telles que les sols, l'air, l'eau, le paysage et la biodiversité, amélioration de l'efficacité des substances et de l'efficience énergétique, compréhension des grands mécanismes de l'écosystème, évaluation des choix technologiques, écotoxicologie dans le domaine agricole, prestations environnementales du secteur agricole, garde des animaux respectueuse de l'espèce, bien-être des animaux.
   
   
3. Un développement socialement compatible du secteur agricole
   Amélioration de la valeur ajoutée en zone rurale, situation des revenus en rapport avec la qualité de vie, dynamisme structurel, possibilités d'adaptation, impacts sur le milieu rural.
   
   
4. Détection précoce
   Mise à disposition de connaissances pour les défis de l'avenir. Certains domaines ne cessent de gagner en importance : alimentation et santé, produits innovants, normes de qualité et d'environnement, circulation des marchandises, cercles vicieux, changement climatique.
   
   
5. Recherche systémique axée sur la résolution des problèmes
   La résolution effective de problèmes requiert souvent une approche transdisciplinaire et innovante.
   
   
6. Communication
   Les résultats de la recherche doivent être mis à la disposition des utilisateurs sous une forme attrayante. La recherche doit engager avec le grand public un dialogue transparent, relayé efficacement par les médias.