Die Hauptaufgabe der drei in Agroscope zusammengefassten Forschungsanstalten ist die Forschung für das Bundesamt für Landwirtschaft (BLW).

Die Ziele sind im Forschungskonzept Agroscope 2008-2011 festgelegt:

1. Ein ökonomisch leistungsfähiger Agrarsektor
   Wettbewerbsfähigkeit und Innovation, Sicherheit und Qualität der Nahrungsmittel zu marktgerechten Preisen, tiefere Produktionskosten.
   
   
2. Ein ökologisch und ethologisch verantwortungsvoller Agrarsektor
   Erhaltung und nachhaltige Nutzung der natürlichen Ressourcen wie Boden, Wasser, Luft, Landschaft und Biodiversität, Verbesserung der Stoff- und Energieeffizienz, Verständnis für ökosystemare Zusammenhänge, Technikfolgenabschätzungen, Ökotoxikologie im Landwirtschaftsbereich, Umweltleistungen des Agrarsektors, artgerechte Tierhaltung, Tierwohl.
   
   
3. Eine sozial verträgliche Entwicklung des Agrarsektors
   Verbesserung der Wertschöpfung im ländlichen Raum, Einkommenssituation in Zusammenhang mit Lebensqualität, Strukturdynamik, Anpassungsmöglichkeiten, Auswirkungen auf den ländlichen Raum.
   
   
4. Früherkennung
   Bereitstellen von Wissen für zukünftige Herausforderungen. Immer wichtiger werden Bereiche wie Ernährung und Gesundheit, Produktinnovation, Qualitäts- und Umweltstandards, Warenflüsse, geschlossene Kreisläufe, Klimawandel.
   
   
5. Problemorientierte Systemforschung
   Effektive Problemlösungen erfordern oft transdisziplinäre und innovative Systemansätze.
   
   
6. Kommunikation
   Die Forschungsergebnisse sind den Benutzern kundengerecht zur Verfügung zu stellen. Die Forschung muss transparent sein und medienwirksam mit der breiten Öffentlichkeit in Dialog treten.