Im Prozess der Risikoanalyse bildet die Risikobewertung die wissenschaftliche Basis. Diese umfasst die Komponenten der Erkennung möglicher Gefahren, deren Beschreibung, die Exposition mit diesen Gefahren sowie die Beschreibung des daraus erwachsenden Risikos. Bei Lebensmitteln beschäftigt sich die Risikobewertung vor allem mit Verunreinigungen chemischer, mikrobiologischer und physikalischer Herkunft (Gefahren), die für Konsumenten ein (Gesundheits-)Risiko bilden könnten. Eine Zusammenarbeit mit Wissenschaftlern, Leuten aus der Praxis, Konsumenten und Behörden ist unerlässlich.

Wichtige Fragestellungen, welche die Sicherheit von Lebensmitteln betreffen, werden mit verschiedenen Methoden wissenschaftlich und allgemein verständlich bearbeitet. Die erhaltenen Informationen sollen helfen, Gefahren in Produkten entlang der Lebensmittelkette und Risiken für Konsumenten richtig zu bewerten und mit geeigneten Massnahmen zu vermindern.