Les exigences phytosanitaires à l'exportation sont définies par le pays destinataire et dépendent du type de matériel végétal et de sa provenance.

L'exportation de matériel végétal vers un pays non membre de l'Union européenne exige normalement un certificat phytosanitaire et parfois un permis d'importation à moins qu'il ne soit interdit d'importation dans le pays de destination. L'exportation de marchandises emballées dans du bois est soumise à des règles particulières.

Si le destinataire n'est pas commercial, aucun document n'est normalement exigé. Les interdictions d’importation sont également applicables aux voyageurs.

Pour les échanges entre scientifiques ainsi que pour les envois destinés à des laboratoires diagnostiques de matériels végétaux susceptibles d'être contaminés par des organismes de quarantaine (ou dont la contamination est notoire), l'UE exige une lettre d'autorisation d'importation, rédigée par le service phytosanitaire du pays destinataire.

Si un commerce régulier de matériel de multiplication soumis au passeport phytosanitaire est prévu, un enregistrement auprès de l'OFAG (Office fédéral de l'agriculture ) est nécessaire. En cas d'exportation exceptionnelle de ce matériel, une solution spéciale est à rechercher avec l'inspectorat phytosanitaire.

Le matériel non soumis au passeport ne nécessite pas d'autre document phytosanitaire.