Un des pôles de recherches consiste essentiellement à gérer efficacement et écologiquement le flux de substances. Nous cherchons le moyen d'utiliser plus efficacement les éléments nutritifs provenant des engrais de ferme, des déchets et des engrais minéraux dans les grandes cultures et les cultures fourragères. Nous cherchons aussi à réduire la pollution des eaux, de l'air et du sol par des substances toxiques qui peuvent provenir des engrais ou de l'élevage. Nous évaluons les engrais d'un point de vue agronomique et écologique, vérifions les méthodes d'analyse de sol destinées à l'établissement des plans de fumure. Enfin, nous mettons en place des règles de base pour la fumure dans les grandes cultures et les cultures fourragères. Pour protéger les eaux de surface et les nappes phréatiques, nous améliorons les connaissances relatives aux apports de liaisons phosphorées (P) et azotées (N) via la lixiviation, le lessivage, l'érosion et le drainage.